Lynch syndroom (HNPCC)

 

OMIM

Aandoening

Gen

120435

Lynch Syndroom 1 ( Hereditary Nonpolyposis Colorectal cancer, type 1 HNPCC1)

MSH2

609310

Lynch Syndroom 2 (HNPCC2)

MLH1

614337

Lynch Syndroom 4 (HNPCC4)

PMS2

614350

Lynch Syndroom 5 (HNPCC5)

MSH6

613244

Lynch Syndroom 8 (HNPCC8)

EPCAM

 

Gen

Technieken

MLH1

-Sequentie analyse exon 1 tot en met 19, inclusief flankerende intron sequenties

-MLPA exon 1 tot en met 19, MRC-Holland kit P003

MSH2

-Sequentie analyse exon 1 tot en met 16, inclusief flankerende intron sequenties

-MLPA MRC-Holland kit P003 (MSH2 promoterregio en coderende exonen; EPCAM exon 9 en  3'UTR)

-MLPA MRC-Holland kit P072 (MSH2 promoterregio; EPCAM exon 3, exon 8, exon 9 en 3’UTR)

MSH6

-Sequentie analyse exon 1 tot en met 10, inclusief flankerende intron sequenties

-MLPA MRC-Holland kit P072, exon 1 tot en met 10

PMS2

-(DNA) Sequentie analyse exon 1 tot en met exon 15, inclusief flankerende intron sequenties en de met de exon 12 t/m exon 15 homologe sequenties in pseudogen PMS2CL. Hierbij is géén onderscheid te maken tussen PMS2 en PMS2CL.

-(DNA) MLPA exon 1 tot en 15 van PMS2 en exon 11 tot en met 15 van het   pseudogen PMS2CL; hierbij is géén onderscheid te maken tussen PMS2 en PMS2CL (MRC Holland kit P008)

-(RNA) Sequentie analyse indien er een variant gevonden is in exon 12 t/m exon 15

EPCAM

-sequentie analyse: niet

-MLPA MRC-Holland kit P003 (EPCAM  exon 9 en 3'UTR; MSH2 promoterregio en coderende exonen)

-MLPA MRC-Holland kit P072 (EPCAM exon 3, exon 8, exon 9 en 3’UTR, MSH2 promoterregio)

 

Procedure: 

Bij aanvraag voor bevestiging diagnose Lynch Syndroom (HNPCC) worden alle aangevraagde genen tegelijk ingezet als LYNCH pakket, tenzij anders is aangegeven. 

EPCAM: Bij een MSH2 MLPAanalyse wordt altijd middels de MLPA getest voor EPCAM deleties welke uitschakeling van MSH2 veroorzaken. De test voor EPCAM deleties is dus géén aparte test, wordt niet apart gedeclareerd. Voor RNA onderzoek is vers bloed nodig, dit wordt pas aangevraagd nadat DNA onderzoek hier een indicatie voor gegeven heeft.

 

 

Detectie ratio:

Dit is een klinisch zeer heterogene groep patiënten,

In 30% van de index patienten met een afschakeling van MLH1 in de tumoren wordt een pathogene MLH1 kiembaan mutatie gevonden.

In 62% van de index patienten met een afschakeling van MSH2 in de tumoren wordt een pathogene MSH2 kiembaan mutatie gevonden.

In 63% van de index patienten met een specifieke afschakeling van MSH6 in de tumoren wordt een pathogene MSH6 kiembaan mutatie gevonden.

In 66% van de index patienten met een specifieke afschakeling van PMS2 in de tumoren wordt een pathogene PMS2 kiembaan mutatie gevonden.

 

Gen

Genproduct

Locus

Overerving

OMIM nummer

Referentiesequentie

MSH2

Mut S Homoloog 2

2p16

Autosomaal dominant

609309

NC_000002.11 NM_000251.1

MLH1

Mut L Homoloog 1

3p22.2

Autosomaal dominant

120436

NC_000003.11 NM_000249.3 

PMS2

humane postmeiotic segregation 2

7p22

Autosomaal dominant

600259

NC_000007.13 NM_000535.5

MSH6

Mut S Homoloog 6

2p12

Autosomaal dominant

600678

NG_007111.1 NM_000179.2

EPCAM

Epithelial Cellular Adhesion Molecule

2p21

Autosomaal dominant,

185535

NC_000002.11 NM_02354.2

 

Website links:

Patiënten materiaal insturen

Uitslagtermijnen laboratoriumonderzoek

Databases / links: 

www.LOVD.nl/MLH1

www.LOVD.nl/MSH2

www.LOVD.nl/MSH6

www.LOVD.nl/PMS2