Erfelijke borst- en/of ovariumkanker (HBOC – hereditair borst- en/of ovarium carcinoom)

Gen

Technieken

ATM

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 2 t/m 63) inclusief intron/exon overgangen

BRCA1

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 2,3 en 5 t/m 24) inclusief intron/exon overgangen.

MLPA (MRC-Holland kit P002-D1) voor de detectie van deleties en duplicaties.

BRCA2

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 2 t/m 27) inclusief intron/exon overgangen.

CHEK2

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 2 t/m 15) inclusief intron/exon overgangen

PALB2

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 1 t/m 13) inclusief intron/exon overgangen

BRIP1

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 2 t/m 20) inclusief intron/exon overgangen

RAD51C

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 1 t/m 9) inclusief intron/exon overgangen

RAD51D

Sequentie analyse van de gehele coderende regio (exon 1 t/m 10) inclusief intron/exon overgangen

Procedure :  

Bij aanvraag voor bevestiging diagnose erfelijke borst- en/of ovariumkanker (HBOC) worden standaard de 5 genen ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2 en PALB gelijktijdig ingezet, tenzij anders is aangegeven. Uitsluitend voor het BRCA1 gen wordt standaard een MLPA test voor de detectie van copy number variants (CNV’s) ingezet.

Op speciaal verzoek wordt ook de MLPA (exon 2 t/m 27 (MRC-Holland kit P045-C1 BRCA2/CHEK2)) voor de detectie van CNV’s in het BRCA2 gen uitgevoerd. De BRCA2 MLPA bevat tevens een mutatie-specifieke test voor de pathogene founder variant (risicofactor) c.1100del p.(Thr367Metfs*15), die eveneens bekend is als c.1100delC of 1100delC en die gelegen is in exon 11 van het CHEK2 gen.

Sequentie-analyse van de genen BRIP1, RAD51C en RAD51D wordt uitsluitend ingezet op speciaal verzoek van de aanvragend klinisch geneticus, wanneer er sprake is van een zeer sterke verdenking op HBOC. Deze genen werden aanvankelijk als ovariumkanker-gevoeligheidsgenen beschouwd, maar lijken ook betrokken te zijn bij erfelijke borstkanker.

Detectie ratio:

Pathogene mutaties:

ATM: ca. 2%

BRCA1: 3-6%

BRCA2: 2-4%

PALB2: nog onbekend

BRIP1, RAD51C, RAD51: nog onbekend; wrs. ca. 1%

Varianten waarvan de klinische betekenis niet duidelijk is:

ATM: ca. 5%

BRCA1: 4-6%

BRCA2: 8-10%

PALB2: nog onbekend

BRIP1, RAD51C, RAD51: nog onbekend; wrs. ca. 1%

 

Gen

Genproduct

Locus

Overerving

OMIM nummer

Referentiesequentie

ATM

ATM (Ataxia-Telangiectasia Mutated gene, serine/threonine kinase)

11q22

Autosomaal dominant *

#607585

NM_00051.3

BRCA1

BRCA1

17q21

Autosomaal dominant

#113705 

NM_007294.3

BRCA2

BRCA2

13q12.3

Autosomaal dominant

#600185

NM_000059.3

CHEK2

Checkpoint kinase 2

22q12.1

Risico factor

#604373

NM_007194.3

PALB2

PALB2 (Partner And Localizer of BRCA2)

16p12.2

Autosomaal dominant

#610355

NM_024675.3

BRIP1

BRCA1-Interacting Protein 1

17q23.2

Autosomaal dominant

#605882

NM_032043.2

RAD51C

RAD51 paralog C

17q22

Autosomaal dominant

#613399

NM_058216.2

RAD51D

RAD51 paralog D

17q12

Autosomaal dominant

#614291

NM_002878.3

homozygotie of samengestelde heterozygotie voor pathogene varianten in het ATM gen is geassocieerd met het autosomaal recessieve ziektebeeld ataxia-telangiectasia (OMIM # 208900), dat gekenmerkt wordt door neurologische afwijkingen, immuundefecten en een predispositie voor maligniteiten zoals leukemie, lymfomen en bepaalde hersentumoren.  

Website links

Patiënten materiaal insturen

https://www.lumc.nl/org/klinische-genetica/patientenzorg/aanvragen-laboratoriumdiagnostiek/patientenmateriaal-insturen/?setlanguage=Dutch&setcountry=nl

Uitslagtermijnen laboratoriumonderzoek

https://www.lumc.nl/org/klinische-genetica/patientenzorg/aanvragen-laboratoriumdiagnostiek/uitslagtermijnen-laboratoriumonderzoek/

Databases / links:

Nationale database met alle varianten gevonden in de Nederlandse en Belgische DNA diagnostiek laboratoria.

LOVD3, ATM: https://databases.lovd.nl/shared/genes/ATM

LOVD3, BRCA1: https://databases.lovd.nl/shared/genes/BRCA1

LOVD3, BRCA2: https://databases.lovd.nl/shared/genes/BRCA2

LOVD3, CHEK2: https://databases.lovd.nl/shared/genes/CHEK2

LOVD3, PALB2: https://databases.lovd.nl/shared/genes/palb2

Internationale databases:

http://research.nhgri.nih.gov/bic/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/