Oratie prof.dr. H. van Attikum

15 juni 2018

DNA-reparatie in chromatine: eerst uitpakken, dan repareren!


Rede uitgesproken door prof.dr. H. van Attikum op 15 juni 2018 bij de aanvaarding van het ambt van hoogleraar met als leeropdracht humane Genetica, in het bijzonder Chromatine en DNA-reparatie.

Mijnheer de Rector Magnificus, zeer gewaardeerde collega’s, familie en vrienden,

DNA-reparatie in chromatine: eerst uitpakken, dan repareren! Dat is waar ik het met u over wil gaan hebben tijdens deze oratie. En hiervoor wil ik eens flink gaan uitpakken! Ik ga het met u hebben over DNA, de drager van onze erfelijke informatie, en over hoe belangrijk het is voor onze gezondheid om deze informatie goed te beschermen. Echter, ik kan u nu al vast verklappen dat ons DNA flink wat te verduren heeft en bij tijd en wijle flink beschadigd kan raken. En dit gebeurt ondanks het feit dat het met vele eiwitten verpakt zit in een verpakking die chromatine genoemd wordt. Maar het is, misschien wel verrassenderwijs, juist chromatine dat een belangrijke rol speelt in het repareren van DNA-schade. Maar hoe werkt DNA-reparatie, en welke rol speelt chromatine hier precies in? En wat kunnen we met kennis omtrent DNA-reparatie en chromatine? Helpt dit om ziekten beter te begrijpen, beter te diagnosticeren en beter te behandelen? Over deze fascinerende en brandende vragen wil ik het met u gaan hebben, waarbij ik zal pogen in mijn enthousiasme niet te veel op mijn Twentse accent te leunen.

Chromatine, het verpakkingsmateriaal van DNA
Ons lichaam is opgebouwd uit ongeveer 40 miljard cellen die ontstaan zijn uit een bevruchte eicel ofwel een zygote. Elke lichaamscel bevat een kern met daarin dezelfde genetische informatie die de instructies bevat voor alle processen die in onze cellen plaatsvinden. Een essentieel proces om van een zygote tot een menselijk lichaam met ongeveer 40 miljard cellen te komen is DNA-replicatie. Dit proces zorgt er namelijk voor dat cellen zich kunnen delen en dat de genetische informatie aan de nakomelingen wordt doorgegeven. Het mechanisme dat aan de basis ligt van DNA-replicatie bestaat uit drie belangrijke stappen. Als eerste vindt er transcriptie van DNA naar messenger RNA plaats. Vervolgens vindt translatie plaats: het messenger RNA wordt omgezet in eiwitten, de werkpaarden van de cel. Ten slotte voeren sommige van deze eiwitten de laatste stap in de cyclus uit: de replicatie (het kopiëren) van DNA. Nadat een cel haar DNA heeft gekopieerd, kan zij zich splitsen in twee dochtercellen, die elk een kopie van het oorspronkelijke genetische materiaal bevatten.

Het deel van DNA dat de informatie bevat voor de aanmaak van een eiwit noemen we een gen. Omdat de genetische informatie in onze cellen identiek is bevat dus ook elke cel in ons lichaam dezelfde set van genen. Echter, slechts een deel van deze genen wordt actief en zorgt ervoor dat een cel een bepaalde vorm en functie krijgt. In een toekomstige levercel, bijvoorbeeld, worden genen actief die ervoor zorgen dat alle specifieke functies van levercellen gerealiseerd worden. Moet een cel een huidcel worden, dan worden er andere genen ingeschakeld, die de cel zijn specifieke huidcelkenmerken geven. In totaal bevat ons DNA ongeveer 22.000 verschillende genen. Deze behelzen echter maar 3% van ons erfelijk materiaal. Van de rest werd lange tijd gedacht dat het nutteloos DNA ofwel “junk DNA” was1. Meer recent onderzoek heeft echter aangetoond dat er wel degelijk belangrijke informatie in dit DNA ligt, met name voor de regulatie van die 22.000 genen. Halen we al het DNA uit onze cellen en rollen we het uit dan komen we tot een lengte in de orde van meters. Maar hoe bewaart een cel dat in een kern waarvan de diameter slechts een miljoenste van die lengte is?

We weten dat ons DNA keurig geordende structuren kan vormen die we chromosomen noemen. Iedere celkern bevat 46 chromosomen waarvan er 23 van je moeder en 23 van je vader komen. De naam chromosoom (uit het Grieks chroma = kleur, soma = lichaam) is oorspronkelijk afgeleid van het feit dat gedurende de celdeling chromosomen als kleurbare, staafvormige lichamen waargenomen kunnen worden met behulp van een eenvoudige lichtmicroscoop. Kijken we echter met een elektronenmicroscoop, die veel meer detail kan zien, naar chromosomen dan zien we dat deze bestaan uit een fascinerende structuur die we chromatine noemen2. Chromatine vormt een soort kralenstruktuur waarvan de kralen nucleosomen genoemd worden. Nucleosomen bestaan op hun beurt weer uit 8 histon-eiwitten (2 kopieën van elk histon H2A, H2B, H3 en H4) waar het DNA als een soort spiraal omheen gewikkeld zit. Nucleosomen zijn met elkaar verbonden door eiwit-vrije stukjes linker DNA. Er ontstaat zo een eiwit/DNA-worst die ongeveer 30 nanometer dik is en die ervoor zorgt dat ons 2 meter lange DNA in de celkern past. Chromatine is dus de prachtige en fascinerende structuur waarin ons DNA verpakt zit!

Chromatine, beschermengel van ons DNA?
Maar zit die verpakking niet in de weg tijdens processen zoals transcriptie en DNA-replicatie waarbij informatie in het DNA moet worden afgelezen? Dat zou je denken, maar niets is minder waar. Ik zal dat uitleggen. Chromatine kun je vergelijken met een slappe schokbreker: het is flexibel, functioneel en beschermt. Chromatine zorgt voor de vouwing van DNA in de celkern. Maar ondanks de grote mate van vouwing van DNA blijft chromatine juist heel flexibel. Deze flexibiliteit maakt bijvoorbeeld dat tijdens transcriptie het eiwitcomplex dat het DNA afleest, het zogenaamde RNA-polymerase, zijn weg door chromatine kan vinden en een mRNA kan produceren. Op vergelijkbare wijze weten ook de zogenaamde DNA-polymerase enzymen, de eiwitten die tijdens DNA-replicatie een kopie van het DNA produceren, hun weg door chromatine te vinden. Daarnaast werkt chromatine ook als beschermengel van ons DNA, omdat het DNA verpakt tot een zeer compacte massa waarin het redelijk beschermd wordt. Redelijk? Ja redelijk, want chromatine kan ons DNA niet tegen alles beschermen. Hoe zit dat?

Onze cellen, en daarmee ook ons DNA, worden blootgesteld aan allerlei invloeden van buitenaf. Hierbij valt te denken aan ultraviolette straling uit zonlicht, kosmische straling uit de ruimte of sigarettenrook. Maar ook valt te denken aan oxidatieve radicalen die als bijproducten van metabole processen in de cel kunnen ontstaan. Al deze invloeden kunnen tot schade in ons DNA leiden. Verschillende studies hebben een schatting gemaakt van het aantal beschadigingen dat het DNA per cel per dag oploopt. Wat denk u hoeveel DNA-beschadigingen dit zijn? Dit zijn er naar schatting 10.000 tot 100.0003! Een bizar aantal waarvan u wellicht net als ik denkt: hoe kan een cel deze DNA-schade repareren?

DNA-reparatie krijgsmacht: strijden voor een goede gezondheid
Onze cellen zijn uitgerust met een krijgsmacht aan DNA-reparatie eiwitten. Net als de Nederlandse krijgsmacht bestaat deze DNA-reparatie krijgsmacht uit verschillende legeronderdelen. Zo is er een leger van DNA-reparatie eiwitten dat specifiek DNA-schade veroorzaakt door zonlicht repareert, en een leger van DNA-reparatie eiwitten dat ervoor zorgt dat breuken, die bijvoorbeeld door kosmische straling in ons DNA worden geïntroduceerd, gerepareerd worden. Op deze wijze weten cellen op zeer effectieve en vaak correcte wijze schade in DNA te repareren. Dat dit proces van belang is voor de gezondheid van onze cellen, en daarmee ook voor ons als individu, zal u denk ik niet verbazen. Het niet efficiënt of niet correct repareren van DNA-schade kan namelijk leiden tot mutaties, ofwel permanente veranderingen in ons DNA4. Het ontstaan van mutaties speelt een belangrijke rol in de evolutie en veroudering, en de ontwikkeling van erfelijke aandoeningen, die bijvoorbeeld gepaard gaan met immuundeficiënties of verstandelijke beperkingen. Daarnaast speelt het ontstaan van mutaties een zeer belangrijke rol in veelvoorkomende ziekten zoals kanker. In het geval van kanker kan er bijvoorbeeld een mutatie zijn ontstaan in een tumorsuppressor-gen. Dat is een gen dat ongeremde deling van een cel voorkomt en daarmee het ontstaan van een tumor verhindert. Ook kunnen mutaties in proto-oncogenen optreden. Deze genen zijn doorgaans betrokken bij de regulatie van celdeling, en mutaties kunnen proto-oncogenen doen transformeren tot oncogenen die ongeremde celdeling en daarmee tumorvorming stimuleren. Anderzijds kunnen er ook meer globale veranderingen in ons DNA ontstaan door inaccurate DNA-reparatie. Dit kan bijvoorbeeld wanneer een stuk van het ene chromosoom gekoppeld wordt aan een stuk van een ander chromosoom. Dit wordt een translocatie genoemd, en een dergelijke DNA-verandering kan bijdragen aan de ontwikkeling van kanker. Een tumorcel kan zich door het ontstaan van mutaties en translocaties genetisch gezien snel veranderen en daarmee een groeivoordeel ten opzichte van normale of gezonde cellen opdoen. Daarnaast is DNA-reparatie ook een intrinsiek onderdeel van bepaalde vitale processen. Zo speelt het bijvoorbeeld een cruciale rol in ons afweersysteem, waarin het helpt bij de aanmaak van het arsenaal aan antistoffen dat ons tegen infecties beschermt. DNA-reparatie is dus een uiterst belangrijk proces dat een grote rol speelt in onze gezondheid.

DNA-reparatie krijgsmacht: DNA-breuken in het vizier
Maar DNA zit verpakt in chromatine en dat betekent dat DNA-schade ook in de context van chromatine voorkomt. De vraag die ik mij meer dan 15 jaar geleden heb gesteld en die mij nu nog bezighoud is: hoe kan de DNA-reparatie machine in onze cellen DNA-schade repareren wanneer het in chromatine “verstopt” zit? Moet het beschadigde DNA uit de chromatine-verpakking worden gehaald om gerepareerd te kunnen worden? Om dat te onderzoeken heb ik mij in de groep van Prof. Susan Gasser in Zwitserland als postdoctoraal onderzoeker gericht op de reparatie van DNA-breuken, een van de meest desastreuze en toxische vormen van DNA-schade, en bestudeert hoe dat proces in chromatine wordt gereguleerd. Er zijn twee belangrijke manieren waarop cellen DNA-breuken kunnen repareren. De manier die in humane cellen misschien wel het meest gebruikt wordt heet “non-homologous end-joining”, ofwel niet-homologe recombinatie3. Tijdens dit reparatie-proces worden de uiteinden van een DNA-breuk simpelweg aan elkaar geplakt. Meestal gebeurt dit foutloos. Echter, in sommige gevallen kunnen de uiteinden van een breuk door bepaalde eiwitten, bijvoorbeeld nucleases die DNA kunnen “opeten”, aangetast worden voordat deze aan elkaar geplakt worden. In dat geval treedt er verlies van DNA op en ontstaan er mutaties. Dat deze vorm van DNA-reparatie belangrijk is voor onze gezondheid blijkt uit het feit dat mutaties in genen die betrokken zijn bij niet-homologe recombinatie onder meer kunnen leiden tot immuundeficiëntie en kanker, met name leukemie.

De alternatieve manier om DNA-breuken te repareren heet “homologous recombination”, ofwel homologe recombinatie.3 Tijdens deze manier van repareren worden de uiteinden van een breuk door nucleases bewerkt, en dat leidt ertoe dat de dubbelstrengs DNA-uiteinden enkelstrengs worden. Dit enkelstrengs DNA wordt vervolgens herkent door verschillende DNA-reparatie eiwitten die op zoek gaan naar eenzelfde stuk DNA, een zogenaamd homoloog stuk DNA, dat geen breuk bevat. Dit DNA wordt doorgaans gevonden in het zusterchromatide. Dat is een kopie van een chromosoom die ontstaat door DNA-replicatie. De intacte informatie wordt vervolgens via een ingewikkeld proces van het zusterchromatide gekopieerd en gebruikt om de breuk te repareren. Mutaties in genen die betrokken zijn bij dit proces zijn sterk geassocieerd met bijvoorbeeld borst- en ovariumkanker. Dit geeft aan dat homologe recombinatie, net als niet-homologe recombinatie, een belangrijke rol speelt in onze gezondheid. Het zijn dus uiterst complexe processen die van vitaal belang zijn. En dan moeten die processen ook nog eens in de context van chromatine plaatsvinden. De vraag was: hoe werkt dit?

Chromatine remodelaars en DNA-reparatie
De veronderstelling was dat chromatine van structuur moet veranderen om DNA-reparatie mogelijk te maken. Onze cellen bevatten verschillende eiwitten die chromatine van structuur kunnen doen veranderen. Een belangrijke klasse van eiwitten die dit kan bewerkstelligen bestaat uit chromatine remodelaars. Dit zijn eiwitten die energie kunnen halen uit de verwerking van ATP, kleine chemische energiepakketjes aanwezig in onze cellen, om zodoende chromatine van structuur te veranderen. Dit kan door histonen te verwijderen, histonen te vervangen door andere histonen (meestal varianten met een ander structureel effect), of door histonen ten opzichte van het DNA te verplaatsen. Echter, of chromatine remodelaars nodig zijn voor DNA-reparatie was onbekend. Samen met Prof. Susan Gasser heb ik ontdekt dat een chromatine remodelaar, INO80 genaamd, uiterst belangrijk is voor DNA-reparatie in het modelorganisme bakkersgist5. We konden voor het eerst laten zien dat INO80 naar DNA-breuken gaat om daar histonen te verwijderen. Dit proces bleek noodzakelijk te zijn om het DNA “beschikbaar” te maken voor nucleases, die dubbelstrengs DNA- uiteinden omzetten in enkelstrengs DNA-uiteinden en daarmee het proces van homologe recombinatie initiëren. Een baanbrekende bevinding, omdat dit voor het eerst aantoonde dat chromatine remodeling een belangrijk proces is voor DNA-reparatie en de deur opende voor veel vervolgonderzoek.

Een van de belangrijke vragen daarna was: is INO80 de enige chromatine remodelaar die nodig is voor homologe recombinatie of zijn er nog meer chromatine remodelaars nodig om dit DNA-reparatie proces efficiënt te laten verlopen? We kwamen al snel tot de conclusie dat INO80 activiteit alleen onvoldoende was om het volledige homologe recombinatie proces aan te sturen. Thomas Costelloe in mijn groep ontdekte namelijk, in samenwerking met de groep van Dr. Bertrand Llorente in Marseille, dat een familielid van INO80, de chromatine remodelaar Fun30 in gist en SMARCAD1 in humane cellen, ervoor zorgt dat nucleases DNA-uiteinden nog verder om kunnen zetten in enkelstrengs DNA, zonder dat daarvoor histonen verwijderd hoeven te worden6. Het enkelstrengs DNA, dat nodig is voor homologe recombinatie, wordt dus eigenlijk in chromatine gemaakt. Hiermee toonden we aan dat er verschillende chromatine remodelaars en chromatine-modificerende activiteiten nodig zijn om dit reparatie-proces efficiënt te laten verlopen.

Maar hoe zit dat dan met die andere manier van DNA-reparatie, niet-homologe recombinatie? Hoe kan dat proces in de context van chromatine plaatsvinden? Er werd veelal gedacht dat deze manier van DNA-reparatie niet of nauwelijks van chromatine-veranderingen afhankelijk zou zijn. Immers, de DNA-reparatie machine zou de gebroken DNA-uiteinden zo weer aan elkaar kunnen plakken. Daar is misschien ook iets voor te zeggen, maar niets is minder waar zoals onderzoek van Martijn Luijsterburg in mijn groep meer recentelijk heeft aangetoond. We vonden namelijk dat een nieuw-ontdekte chromatine remodelaar, CHD2, naar DNA-breuken gaat om daar chromatine te ontvouwen en ervoor te zorgen dat histon H3 wordt vervangen door een variant histon H3, namelijk H3.3, die chromatine wat minder compact maakt7. Dit leidt ertoe dat DNA-reparatie eiwitten beter bij het beschadigde DNA kunnen komen en de breuk-uiteinden gemakkelijker en efficiënter aan elkaar kunnen zetten. Kortom, net als tijdens homologe recombinatie moeten er tijdens niet-homologe recombinatie een scala aan chromatine-veranderingen plaatsvinden om DNA-reparatie mogelijk te maken, zoals inmiddels niet alleen door mijn groep maar ook door andere groepen in het veld is laten zien.8 Dus voor de reparatie van DNA-schade in chromatine is één van de vuistregels: eerst uitpakken, dan repareren!

Ons werkt heeft niet alleen laten zien dat chromatine remodeling belangrijk is voor DNA-reparatie, maar heeft ook tot vele nieuwe vragen geleid die wij in de toekomst willen proberen te beantwoorden. Bijvoorbeeld, hoe wordt bepaald of een DNA-breuk via homologe recombinatie of niet-homologe recombinatie wordt gerepareerd? We weten dat de celcyclus daar een belangrijke rol in speelt, maar welke rol spelen chromatine-veranderingen daarin? Daarnaast ondergaat chromatine vele veranderingen tijdens de reparatie van DNA-breuken. Maar hoe wordt de chromatine-structuur weer hersteld in zijn originele staat wanneer de DNA-schade eenmaal gerepareerd is? Een belangrijke vraag omdat het niet correct herstellen van de chromatine structuur bijvoorbeeld tot veranderingen in transcriptie zou kunnen leiden, hetgeen in somatische cellen kankerontwikkeling kan stimuleren. Werk dat op dit moment gaande is in mijn groep heeft al geleid tot de identificatie van een aantal nieuwe chromatine remodelaars. We verwachten dat we met het bestuderen van deze intrigerende factoren antwoorden zullen vinden op de eerdergenoemde, belangrijke onbeantwoorde vragen. Mutaties in een aantal van deze chromatine remodelaars geven aanleiding tot het ontstaan van zeldzame humane syndromen. We zullen daarom de gelegenheid grijpen om in samenwerking met de expertisecentra voor zeldzame aandoeningen in het LUMC te achterhalen hoe mutaties in deze chromatine remodelaars kunnen leiden tot het ontstaan van deze syndromen.

Chromatine-modificerende enzymen en DNA-reparatie
Ik heb u verteld over chromatine remodelaars die chromatine van structuur doen veranderen tijdens de reparatie van DNA-breuken. Echter, er is nog een klasse van eiwitten die chromatine van structuur kan doen veranderen. Dit zijn eiwitten die histonen in chromatine chemisch kunnen modificeren9. Dat kan bijvoorbeeld via fosforylatie of ubiquitylatie, waarbij er respectievelijk een fosfaat of ubiquitine molecuul covalent aan een histon wordt gekoppeld. Een van de bekendste histonen die gefosforyleerd wordt op plekken waar chromatine beschadigd raakt is H2AX, een variant van histon H2A. Deze variant komt in ongeveer 10% van de nucleosomen voor en heeft een iets langer uiteinde met daarin een serine aminozuur dat gefosforyleerd wordt. Gefosforyleerd H2AX wordt ook wel gammaH2AX genoemd, omdat het voor het eerst na gamma-bestraling van cellen ontdekt is. gammaH2AX verspreidt zich van de DNA-breuk over een groot deel van het chromatine en dient als een soort van “ontmoetingsplaats” voor DNA-reparatie eiwitten. Een van de eiwitten die naar deze ontmoetingsplaats komt is, zoals wij hebben gevonden, de chromatine remodelaar INO80.5 Belangrijk is dat deze bevinding aantoont dat er een link is tussen chromatine modificaties en chromatine remodeling tijdens DNA-reparatie. Later werd ook ontdekt dat er een link is tussen gammaH2AX en de modificatie van histonen door ubiquitylering10. Dat laatste proces wordt gereguleerd door zogenaamde E3 ubiquitine ligases. Dat zijn eiwitten die ubiquitine moleculen kunnen koppelen aan lysine aminozuren in andere eiwitten, waaronder histonen zoals histon H2A. Prachtig werk van verschillende collega’s in het veld heeft laten zien dat gammaH2AX leidt tot de lokalisatie van E3 ubiquitine ligases, zoals RNF8 en RNF168, op DNA-schade11. Vervolgens modificeren deze E3 ubiquitine ligases chromatine door histon H2A te ubiquityleren. Godelieve Smeenk in mijn groep heeft als eerste laten zien dat verschillende chromatine remodelaars samenwerken met deze E3 ubiquitine ligases om chromatine dusdanig van structuur te doen veranderen dat ubiquitylatie van H2A mogelijk wordt12,13. Het geubiquityleerde H2A kan vervolgens gebonden worden door verschillende eiwitten, zoals het tumorsuppressor eiwit 53BP1, die belangrijk zijn voor DNA-reparatie. Recent werk van Martijn Luijsterburg in mijn groep heeft laten zien dat de ubiquitylatie van H2A door RNF168 ook belangrijk is voor de reparatie van DNA-breuken via homologe recombinatie14. Dit proces wordt gereguleerd door een eiwitcomplex dat bestaat uit de borstkanker-eiwitten BRCA1, BRCA2 en PALB23. We hebben gevonden dat RNF168 na H2A in de buurt van DNA-breuken geubiquityleerd te hebben, enerzijds het geubiquityleerde H2A, maar anderzijds ook PALB2 kan binden. Zodoende zorgt RNF168 ervoor dat het BRCA1/BRCA2/PALB2 reparatie-complex op de juiste wijze op het beschadigde chromatine lokaliseert en DNA-schade efficiënt kan repareren. Wat homologe recombinatie betreft beginnen we dus langzaam inzicht te verkrijgen in hoe dit DNA-reparatie mechanisme door E3 ubiquitine ligases wordt gereguleerd. Voor het alternatieve DNA-reparatie mechanisme, niet-homologe recombinatie, is dat echter verre van duidelijk. Ons toekomstige werk zal er dan ook op gericht zijn om dit verder te onderzoeken. We hebben inmiddels al een aantal E3 ubiquitine ligases ontdekt die niet-homologe recombinatie reguleren en zijn zeer enthousiast over de eerste intrigerende resultaten uit het laboratorium. Vervolgonderzoek zal ons ongetwijfeld vernieuwende inzichten verschaffen in de regulatie van niet-homologe recombinatie in de context van chromatine.  

De ubiquitylering van eiwitten, waaronder ook histonen, is een reversibel proces. Dit betekent dat de ubiquitine moleculen die door E3 ubiquitine ligases aan eiwitten gezet worden ook weer verwijderd kunnen worden. Dat laatste gebeurt door zogenaamde de-ubiquitylerende eiwitten, ook wel DUB-eiwitten genoemd. De laatste jaren is de rol van deze eiwitten in DNA-reparatie vrij intensief bestudeerd, onder meer ook door mijn eigen groep. Met behulp van genetische screens heeft Dimitris Typas in mijn groep een aantal DUBs gevonden die belangrijk zijn voor DNA-reparatie. Twee van deze DUBs, USP26 en USP37, bleken belangrijk te zijn voor homologe recombinatie15. We vonden dat deze DUBs ubiquitine van H2A kunnen verwijderen. Op zich niet zo bijzonder zou je denken, maar niets is minder waar. H2A wordt over een groot deel van het beschadigde chromatine geubiquityleerd. Dicht bij de DNA-schade kan het zorgen voor binding van het BRCA1/BRCA2/PALB2 reparatie-complex. Echter, verder weg van de DNA-schade kan het zorgen voor binding van het BRCA1-bevattende BRCA1-A-complex. Het BRCA1 eiwit wordt dus als het ware “verdeeld” over twee reparatie-complexen. De USP26 en USP37 DUBs zorgen ervoor dat er niet te veel H2A ubiquitylatie verder weg van de DNA-schade plaatsvindt. Hiermee voorkomt het dat er overmatig veel BRCA1 via het BRCA1-A-complex bindt en er voldoende BRCA1 beschikbaar is om een functioneel reparatie-complex te vormen met BRCA2 en PALB2. Op deze enigszins gecompliceerde, maar intrigerende wijze reguleren deze twee DUBs DNA-reparatie via homologe recombinatie.

Onze genetische screens hebben nog meer DUBs opgeleverd die mogelijk een belangrijke rol spelen in dit proces en dit gaan we verder onderzoeken om beter te begrijpen hoe de-ubiquitylatie van chromatine DNA-schade herstel bevordert. Speciale aandacht gaat daarbij uit naar het BAP1 eiwit. Van dit eiwit is bekend dat het belangrijk is voor DNA-reparatie16, maar hoe het dit proces precies reguleert is niet geheel bekend. Daarnaast is BAP1 een uiterst belangrijk tumorsuppressor-eiwit waarin mutaties zeer frequent gevonden worden in verschillende vormen van kanker, waaronder melanomen en mesotheliomen17. In het geval van metastase van een BAP1-deficiente tumor betekent dit vaak een slechte prognose voor de patiënt, omdat een goede en efficiënte behandeling niet voorhanden is. We willen daarom met behulp van genetische screens genen vinden die we in een BAP1-deficiente kankercel moeten uitschakelen om deze te doden. Indien we genen ofwel eiwitten weten te vinden waarvoor al (geregistreerde) geneesmiddelen bestaan om deze te inactiveren, kunnen we patiënten met een BAP1-deficiënte tumor hopelijk snel een behandeling op maat bieden. Daarnaast willen we in samenwerking met de groep van Prof. Titia Sixma van het Nederlands Kanker Instituut beter begrijpen hoe BAP1 werkt, met name tijdens DNA-reparatie. We denken dat we deze kennis kunnen gebruiken voor de ontwikkeling van een functionele assay. Een dergelijke assay zou het mogelijk moeten maken om het effect van kanker-geassocieerde mutaties op het functioneren van BAP1 te bepalen. Met de uitkomsten hopen we niet alleen een beter inzicht te krijgen in het kankerrisico bij bepaalde mutaties in BAP1, maar ook advies te kunnen geven voor een mogelijke behandeling op maat, bijvoorbeeld van melanomen. In het kader hiervan onderhouden we nauwe contacten met de afdelingen Oogheelkunde, Dermatologie en Klinische Genetica van het LUMC. Kortom, ons werk heeft laten zien dat een breuk in DNA leidt tot een fantastisch schouwspel waarin we een ingenieuze samenwerking zien van verschillende chromatine-modificaties en chromatine remodeling activiteiten om reparatie van de schade te bewerkstelligen. De kennis en expertise die we hiermee hebben opgedaan willen we gaan gebruiken voor het ontwikkelen van nieuwe methoden voor een betere diagnose en behandeling van kanker.

Functionele analyse van DNA-reparatie in chromatine voor bepaling van kankerrisico en therapie
Wat dat laatste betreft zijn we de laatste jaren al heel actief geweest en hebben we de eerste stappen reeds gezet. We hebben ons hierbij in eerste instantie gericht op genen zoals XRCC2 en PALB2, die betrokken zijn bij homologe recombinatie en in verband zijn gebracht met het ontstaan van borstkanker en mogelijk ook ovariumkanker. Bij het vergelijken en analyseren van DNA van duizenden borstkanker-patiënten en gezonde individuen zijn enkele DNA-veranderingen, ofwel genetische varianten, in het XRCC2-gen waargenomen. Hierbij kwam de vraag op: in hoeverre zijn deze varianten belangrijk voor het ontstaan van borstkanker? Maar deze vraag is echter niet zo eenvoudig te beantwoorden! Wat er doorgaans gebeurt is dat er onderzocht wordt of bepaalde varianten vaker voorkomen in patiënten dan in gezonde individuen18. Daarnaast wordt er met computervoorspellingen, ofwel in silico predicties, gekeken of een bepaalde variant een negatieve impact kan hebben op het functioneren van een gen, en mogelijk pathogeen is. Wanneer een zogenaamde pathogene varianten significant meer voorkomt in patiënten zou deze geassocieerd kunnen zijn met een verhoogd risico op borstkanker. Deze associatie wordt nog sterker wanneer de betreffende variant binnen één of meerdere families voorkomt en co-segregeert met de ziekte. Een groot probleem bij dit soort studies is echter dat de classificatie van mogelijk pathogene varianten gebaseerd is op in silico predicties die niet altijd even betrouwbaar zijn. Om dit probleem op te lossen hebben we in samenwerking met Prof. Peter Devilee en Prof. Christie van Asperen het effect van varianten in XRCC2 in het laboratorium experimenteel onderzocht, zoals dat in onze afdeling ook wordt gedaan voor de belangrijke borstkankergenen BRCA1 en BRCA2. Hiervoor hebben we een assay opgezet waarmee we het effect van verschillende varianten in XRCC2, zoals die in borstkankerpatiënten gevonden zijn, op homologe recombinatie hebben getest. Een belangrijke uitkomst van dit onderzoek was dat de in silico predicties varianten in veel gevallen verkeerd hadden geclassificeerd, hetgeen de noodzaak en het belang van functionele assays voor borstkankergenen aangeeft. Helaas hebben we na her-classificatie van de varianten in XRCC2 geen duidelijke associatie met borstkanker kunnen vinden19. Dit kan echter ook komen omdat het aantal varianten en de patiëntaantallen relatief laag waren in de betreffende studie. Op dit moment wordt in een aantal consortia, waaronder BRIDGES en PERPECTIVE, waar ik deel van uitmaak, niet het DNA van enkele duizenden of tienduizenden patiënten, maar zelfs van meer dan honderdduizend borstkanker-patiënten onderzocht en worden genetische varianten in bekende, maar ook in mogelijk nieuwe borstkankergenen bepaald. Dit zal naar verwachting een overweldigende hoeveelheid aan informatie opleveren. Een van de uiteindelijke doelen is om te bepalen welke varianten pathogeen zijn en geassocieerd zijn met een verhoogd risico op borstkanker. Hierbij zal de focus niet alleen op het XRCC2 gen liggen, maar ook op genen zoals PALB2 en CHEK2, die door meer recent onderzoek tot de hoog-risico borstkankergenen, waaronder ook BRCA1 en BRCA2 vallen, gerekend worden. Voor het beter classificeren van allerlei nieuwe en onbekende genetische varianten die gevonden zullen worden heeft mijn groep nieuwe functionele assays ontwikkeld waarmee het effect van deze varianten op het functioneren van PALB2 en CHEK2 in kaart gebracht kan worden. Hiermee verwachten we een belangrijke bijdrage te kunnen leveren aan het beter diagnosticeren van genetische varianten in borstkankergenen en de patiënt beter te kunnen informeren over de relevantie van een genetische variant met betrekking tot borstkankerrisico, screening van familieleden en verdere behandeling. Wat dat laatste betreft heeft het veld de laatste jaren enorme progressie geboekt met de ontwikkeling van geneesmiddelen zoals Lynparza20. Dit geneesmiddel kan zogenaamde PARP-enzymen remmen. De remming van deze enzymen leidt ertoe dat breuken die ontstaan in “slechts” één van de strengen van ons DNA niet meer efficiënt gerepareerd kunnen worden en in delende cellen, zoals kankercellen, leiden tot het ontstaan van dubbelstrengs DNA-breuken. Deze breuken moeten gerepareerd worden met behulp van homologe recombinatie. Echter, borst- en ovariumkankercellen met pathogene varianten in homologe recombinatie-genen, zoals BRCA1, BRCA2 en PALB2, kunnen deze breuken, in tegenstelling tot gezonde cellen, niet meer efficiënt repareren en zullen dus door de behandeling met PARP-remmer gedood worden. Deze behandeling heeft dus met name een effect op homologe recombinatie-deficiënte tumoren met mutaties in bijvoorbeeld BRCA1, BRCA2 en PALB2, en slechts in beperkte mate op gezonde cellen of weefsels. De verdere implementatie van PARP-remmers in de kliniek zal dan ook een enorme stap voorwaarts zijn in de behandeling van borst- en ovariumkanker, alsmede andere vormen van kanker met een deficiëntie in homologe recombinatie. Belangrijk hierbij is dat wij in het kader van ons onderzoek naar patiënten met varianten in borstkankergenen, zoals PALB2, kunnen bepalen welke varianten pathogeen zijn en kankercellen gevoelig maken voor behandeling met PARP-remmer. We verwachten dat de uitkomsten van dit onderzoek bij kunnen dragen aan een beter advies aan de patiënt over een behandeling op maat met PARP-remmers.

Daarnaast zijn wij bezig met het ontwikkelen van functionele assays voor nieuwe borstkankergenen, zoals CHEK2 en ATM, die geen rol in homologe recombinatie spelen. Deze genen zorgen ervoor dat na het ontstaan van DNA-schade de celdeling dusdanig vertraagd wordt dat cellen voldoende tijd hebben om de schade te repareren21. En precies dat effect gebruiken we als read-out in onze functionele assays. Met deze assays, en de functionele assay voor PALB2, zijn we goed voorbereid op de toekomst. We zullen hiermee nieuwe, onbekende varianten in deze borstkanker-genen, die we vanuit consortia zoals BRIDGES, PERSPECTIVE en ENIGMA, waar wij onderdeel van zijn, gaan onderzoeken. Daarnaast willen wij op nationaal niveau een pipeline opzetten voor het functioneel testen van nieuwe, onbekende varianten in deze borstkanker-genen die via genpanel-testen uit de klinisch diagnostische centra in Nederland, en dus ook het LUMC, voort zullen komen. Hierbij zal de implementatie van innovatieve technieken om dit high-throughput (dus voor veel varianten tegelijkertijd) te kunnen gaan doen een belangrijke rol spelen. De testresultaten moeten inzichtelijk maken of bepaalde varianten pathogeen zijn en aanleiding geven tot een verhoogd kankerrisico, hetgeen teruggekoppeld moet worden naar arts en patiënt. Hierbij zal een nauwe samenwerking met clinici onontbeerlijk zijn. Verschillende samenwerkingen zijn hiervoor al met de afdelingen Klinische Genetica en Pathologie van het LUMC opgezet. Maar ook op nationaal niveau wordt inmiddels in samenwerking met collega Dr. Maaike Vreeswijk hard gewerkt aan het creëren van een platform voor functionele analyse van varianten in borstkanker- en ovariumkankergenen, zoals BRCA1, BRCA2 en PALB2, waarbij de samenwerking met verschillende Nederlandse klinische centra centraal staat. Een fantastisch initiatief waar ik veel van verwacht, met name voor de patiënt!

DNA-reparatie en chromatine onderzoek in een veranderend wetenschappelijk klimaat
Natuurlijk zou mijn onderzoek niet zonder support van een aantal financiers mogelijk zijn geweest. Ik ben dan ook erg dankboor voor de financiële ondersteuning die ik heb mogen ontvangen van het LUMC, de Universiteit Leiden, het Gratama Fonds, EMBO, HFSP, KWF, NWO, ERC en de EU. Continuering van deze financiering zal in de toekomst echter enig manouvreerwerk verlangen. Het laatste decennium hebben veel financiers, onderzoeksinstituten en medische centra, waaronder ook het LUMC, de nadruk gelegd op kennisbenutting en maatschappelijke/klinische relevantie van fundamenteel wetenschappelijk onderzoek. Dit komt ook eens te meer tot uiting in de Nationale Wetenschapsagenda en in de recent verschenen strategische nota’s van het LUMC en NWO.  Een dergelijke focus biedt natuurlijk nieuwe kansen voor de fundamenteel onderzoeker en ik denk dat mijn werk goed laat zien hoe je expertise, door basaal wetenschappelijk onderzoek verkregen, kan aanwenden voor het adresseren van klinisch relevante vraagstukken. Echter, we moeten blijven waken dat de basale wetenschap niet te veel in een keurslijf van kennisbenutting en valorisatie terecht komt, omdat hierdoor haar oorspronkelijke, creatieve en vrije karakter in de verdrukking zou kunnen komen. De geschiedenis leert ons immers dat juist dat aspect bepalend is geweest voor een aantal belangrijke ontdekkingen die nota bene tot nieuwe therapieën hebben geleid, bijvoorbeeld de gerichte behandeling van borst- en ovariumkanker met PARP-remmers. Daarnaast is er een tendens dat grote wetenschappelijke doelen het beste in samenwerkingsverband bereikt kunnen worden. NWO heeft recentelijk ook laten weten juist meer te willen gaan investeren in financieringsinstrumenten voor zowel grote, middelgrote als ook kleinere samenwerkingsverbanden. Dit is een initiatief dat toegejuicht mag worden, want door samen te werken kunnen doelen bereikt worden die de exponent zijn van wat één groep of enkele groepen kan of kunnen bereiken. Echter, de financiële middelen moeten dan wel evenredig en eerlijk verdeeld worden. Een te groot “alles is voor Bassie”-gehalte in deze leidt namelijk tot ongenoegen en verdeeldheid onder wetenschappers, zo is gebleken! Daarnaast heeft NWO ook laten weten de Vernieuwingsimpuls te handhaven en vele extra miljoenen te gaan investeren in innovatief, basaal wetenschappelijk onderzoek met een open karakter. Het zal u niet verbazen dat mij dit als basaal onderzoeker deugt doet. Reden dus tot enig optimisme!

Chromatine en DNA-reparatie in het onderwijs
Als onderzoeker moeten we onze bevindingen en kennis overdragen aan het publiek. Dat doen we doorgaans vooral door ons werk te publiceren in wetenschappelijke tijdschriften. Echter, minstens zo belangrijk is de kennisoverdracht via onderwijs. Sinds mijn komst naar het LUMC heb ik mij hier in steeds grotere mate mee bezig gehouden. Dit is niet alleen terug te zien in de colleges en werkgroepen die ik onder meer voor studenten Geneeskunde en Biomedische Wetenschappen verzorg, maar ook in de rol die ik speel bij het introduceren en coördineren van vernieuwend onderwijs. Wat dat laatste betreft zijn we de laatste jaren in het curriculum Biomedische Wetenschappen bijvoorbeeld aandacht gaan besteden aan het onderzoek naar nieuwe genetische varianten in borst- en ovariumkanker genen. Ik was in eerste instantie niet heel erg blij met de Basis Kwalificatie Onderwijs die behaalt diende te worden. Ik moet echter bekennen dat ik mij nu veel gerichter ben bezig gaan houden met vragen zoals: welke leerdoelen moeten er behaald worden, hoe kunnen die doelen bereikt worden en hoe kan getoetst worden of die doelen bereikt zijn. Wat dat laatste betreft was ik ook aangenaam verrast om te horen dat ik voor mijn Basis Kwalificatie Onderwijs nog een extra cursus toetsing moest gaan volgen. Een zeer nuttige exercitie zo bleek, want goede toetsing kan bepalen hoe effectief het gegeven onderwijs is geweest. Als proef op de som dan maar even een toets tussendoor om te bepalen hoe effectief de kennis-overdacht tijdens deze oratie tot dusverre is geweest. U mag allen uw smartphone pakken en surfen naar Kahoot.it. Daar kunt u een naam opgeven en inloggen met de pincode die u zo te zien krijgt. Vervolgens mag u drie vragen beantwoorden. Om het nog wat interessanter te maken zal ik daarna laten zien wie het beste jongetje of meisje van dit groot auditorium is. Zal dat één van de aanwezige hoogleraren zijn? Ik ben benieuwd…

Het moge duidelijk zijn dat een 45 minuten durende oratie niet de beste vorm van kennisoverdracht is. Maar mocht ik uw interesse voldoende gewekt hebben dan staat voor u de uitgeschreven tekst in boekvorm of op het Internet klaar, zodat u een en ander na kunt lezen. Wat het onderwijs in het LUMC betreft, zullen mijn activiteiten zich erop gaan richten om conform de ambities van de strategische nota innovatief en modern onderwijs, daarbij ook recente ontwikkelingen in mijn vakgebied meenemende, aan te bieden. Tenslotte, zal ik mij actief bezig blijven houden met onderwijs voor studenten, promovendi en postdoctorale onderzoekers, onder meer door het organiseren van nationale en internationale cursussen, workshops en conferenties, waaronder die voor de onderzoeksschool Medisch Genetisch Centrum Zuid-west Nederland en de Nederlandse Vereniging voor Radiobiologie waar ik recent voorzitter van ben geworden.

Dankwoord
Tot slot een woord van dank, want vanzelfsprekend had ik hier niet gestaan zonder support van een aantal mensen. Ten eerste wil ik mijn stagebegeleider van het eerste uur, Prof. Michiel Kleerebezem, bedanken. Zijn advies tijdens mijn HLO-stage “Je kunt beter een goede analist dan aan matige AIO worden” was dan misschien wel niet de meest motiverende opmerking die ik ooit heb gehad van een begeleider, maar was er wel één die mij prikkelde om proefondervindelijk het ongelijk van mijn begeleider te bepalen. Waarvan met mijn acte de présence hier het bewijs. Prof. Paul Hooykaas, beste Paul, ik ben je ontzettend dankbaar voor het vertrouwen dat je in mij hebt gehad en de kans die je mij hebt geboden om in jouw groep als HLO-er aan een promotietraject te beginnen. Het was een succesvolle en zeer leerzame periode in mijn carrière en het was een genot om in jouw afdeling te werken samen met mijn vriend en mede ex-HLO-student, maar inmiddels hoogleraar, Prof. Dolf Weijers. Beste Dolf, ik kan jou ook niet genoeg bedanken voor de fantastische tijd samen en je steun door dik en dun, zowel in het lab als daarbuiten! Prof. Susan Gasser, die helaas niet aanwezig kon zijn bij deze plechtigheid, is een geweldige mentor geweest, die tot op de dag van vandaag een bron van inspiratie is. Zonder haar was ik nooit aan chromatine en DNA-reparatie gaan werken en had ik hier niet gestaan. Veel dank aan haar! Prof. Leon Mullenders, beste Leon, jij zat in de zaal tijdens een congres in San Francisco waar ik een presentatie over INO80 hield. Na afloop hadden we een prettig gesprek tijdens de koffiepauze en een paar weken later in het LUMC. Uiteindelijk heeft dit ertoe geleid dat ik naar het LUMC ben gekomen om daar mij eigen onderzoeksgroep te starten. Ik ben je ontzettend dankbaar voor al je hulp en support in deze en niet te vergeten vooral ook de prettige en amicale samenwerking. Prof. Silvère van der Maarel, beste Silvère, ook jou wil ik bedanken voor je vertrouwen, je support voor mijn onderzoek en carrière, en het creëren van een nieuwe afdeling Humane Genetica waarin het uiterst prettig werken is. En natuurlijk wil ik ook mijn dank uitspreken aan iedereen in het LUMC die mij en mijn onderzoek op welke wijze dan ook heeft gesteund, met name Prof. Pancras Hoogendoorn en de Raad van Bestuur, Prof. Hans Tanke en de besturen van de voormalige divisie 5 en de huidige divisie 4, en Prof. Peter Devilee en Prof. Hendrik Veelken, de trekkers van het profileringsgebied Cancer Pathogenesis and Therapy waar mijn onderzoek deel van uitmaakt. Dank voor het in mij gestelde vertrouwen!

Van degenen die mij hebben opgeleid naar degenen die ik op mocht en nog mag opleiden. Het is een voorrecht om als groesleider zoveel talentvolle studenten en onderzoekers (in spé) in mijn groep te hebben of te hebben gehad. Met naam wil ik noemen de analisten Wouter, Anton, Kees, Nandi, Marijke en Hanneke, de promovendi Aude, Godelieve, Angela, Dimitris, Madelon, Rick, Jenny, Leonie en Fenna, de postdocs Erik, Thomas, Suming, Alex, Chantal, Pierre, Amandine, Sylvie en Martijn, en tenslotte staflid Albert. Velen van hen hebben tot mijn grote genoegen gekozen voor een voortzetting van hun carrière in de wetenschap en enkelen zijn zelf groepsleider geworden of zijn op weg daar naartoe!

Tenslotte, wil ik mijn vrienden en familie bedanken voor hun interesse en support. Met name mijn ouders die mij van jongs af aan al de vrijheid hebben gegeven en kansen hebben geboden om me te ontplooien zoals ik dat zelf graag wilde. Jullie hebben mij laten zien wat je met hard werken kunt bereiken. Zie nu waartoe dat heeft geleid. Mogen we trots op zijn, pa en ma! En dan mijn twee deugnieten, Jip en Pien, die mij hebben uitgelachen toen ze mij voor het eerst met deze “jurk” en “pet” zagen. Jullie brengen naast mijn werk zoveel plezier in mijn leven. Ik ben supertrots op jullie! En dan Ilse, partner, moeder en “laagleraar”, zoals je jezelf als vakleerkracht bewegingsonderwijs wel eens noemt. Je doet jezelf hiermee echter tekort, want jij bent degene die mij met beide benen op de grond houdt, de nodige balans in mijn leven brengt, en mij in alles op stimulerende wijze ondersteunt. Ik had mij geen betere “laagleraar” kunnen wensen!

Ik heb gezegd.

Referenties

  1. Palazzo, A. F. & Gregory, T. R. The case for junk DNA. PLoS Genet 10, e1004351 (2014).
  2. Luger, K., Dechassa, M. L. & Tremethick, D. J. New insights into nucleosome and chromatin structure: an ordered state or a disordered affair? Nat Rev Mol Cell Biol 13, 436-447 (2012).
  3. Ciccia, A. & Elledge, S. J. The DNA damage response: making it safe to play with knives. Mol Cell 40, 179-204 (2010).
  4. Aguilera, A. & Garcia-Muse, T. Causes of genome instability. Annu Rev Genet 47, 1-32 (2013).
  5. van Attikum, H., Fritsch, O., Hohn, B. & Gasser, S. M. Recruitment of the INO80 complex by H2A phosphorylation links ATP-dependent chromatin remodeling with DNA double-strand break repair. Cell 119, 777-788 (2004).
  6. Costelloe, T., Louge, R., Tomimatsu, N., Mukherjee, B., Martini, E., Khadaroo, B., Dubois, K., Wiegant, W. W., Thierry, A., Burma, S., van Attikum, H. & Llorente, B. The yeast Fun30 and human SMARCAD1 chromatin remodellers promote DNA end resection. Nature 489, 581-584 (2012).
  7. Luijsterburg, M. S., de Krijger, I., Wiegant, W. W., Shah, R. G., Smeenk, G., de Groot, A. J., Pines, A., Vertegaal, A. C., Jacobs, J. J., Shah, G. M. & van Attikum, H. PARP1 Links CHD2-Mediated Chromatin Expansion and H3.3 Deposition to DNA Repair by Non-homologous End-Joining. Mol Cell 61, 547-562 (2016).
  8. Jeggo, P. A. & Downs, J. A. Roles of chromatin remodellers in DNA double strand break repair. Exp Cell Res 329, 69-77 (2014).
  9. van Attikum, H. & Gasser, S. M. The histone code at DNA breaks: a guide to repair? Nat Rev Mol Cell Biol 6, 757-765 (2005).
  10. Luijsterburg, M. S. & van Attikum, H. Close encounters of the RNF8th kind: when chromatin meets DNA repair. Current Opinion in Cell Biology 24, 439-447 (2012).
  11. Smeenk, G. & Mailand, N. Writers, Readers, and Erasers of Histone Ubiquitylation in DNA Double-Strand Break Repair. Front Genet 7, 122 (2016).
  12. Smeenk, G., Wiegant, W. W., Marteijn, J. A., Luijsterburg, M. S., Sroczynski, N., Costelloe, T., Romeijn, R. J., Pastink, A., Mailand, N., Vermeulen, W. & van Attikum, H. Poly(ADP-ribosyl)ation links the chromatin remodeler SMARCA5/SNF2H to RNF168-dependent DNA damage signaling. J Cell Sci 126, 889-903 (2013).
  13. Smeenk, G., Wiegant, W. W., Vrolijk, H., Solari, A. P., Pastink, A. & van Attikum, H. The NuRD chromatin-remodeling complex regulates signaling and repair of DNA damage. J Cell Biol 190, 741-749 (2010).
  14. Luijsterburg, M. S., Typas, D., Caron, M. C., Wiegant, W. W., van den Heuvel, D., Boonen, R. A., Couturier, A. M., Mullenders, L. H., Masson, J. Y. & van Attikum, H. A PALB2-interacting domain in RNF168 couples homologous recombination to DNA break-induced chromatin ubiquitylation. Elife 6 (2017).
  15. Typas, D., Luijsterburg, M. S., Wiegant, W. W., Diakatou, M., Helfricht, A., Thijssen, P. E., van den Broek, B., Mullenders, L. H. & van Attikum, H. The de-ubiquitylating enzymes USP26 and USP37 regulate homologous recombination by counteracting RAP80. Nucleic Acids Res 43, 6919-6933 (2015).
  16. Ismail, I. H., Davidson, R., Gagne, J. P., Xu, Z. Z., Poirier, G. G. & Hendzel, M. J. Germline mutations in BAP1 impair its function in DNA double-strand break repair. Cancer Res 74, 4282-4294 (2014).
  17. Wang, A., Papneja, A., Hyrcza, M., Al-Habeeb, A. & Ghazarian, D. Gene of the month: BAP1. J Clin Pathol 69, 750-753 (2016).
  18. Nielsen, F. C., van Overeem Hansen, T. & Sorensen, C. S. Hereditary breast and ovarian cancer: new genes in confined pathways. Nat Rev Cancer 16, 599-612 (2016).
  19. Hilbers, F. S., Luijsterburg, M. S., Wiegant, W. W., Meijers, C. M., Volker-Albert, M., Boonen, R. A., van Asperen, C. J., Devilee, P. & van Attikum, H. Functional Analysis of Missense Variants in the Putative Breast Cancer Susceptibility Gene XRCC2. Hum Mutat 37, 914-925 (2016).
  20. Lord, C. J., Tutt, A. N. & Ashworth, A. Synthetic lethality and cancer therapy: lessons learned from the development of PARP inhibitors. Annu Rev Med 66, 455-470 (2015).
  21. Bartek, J., Lukas, C. & Lukas, J. Checking on DNA damage in S phase. Nat Rev Mol Cell Biol 5, 792-804 (2004).