LUMC werkt mee aan supersnelle Europese test om duizenden virussen tegelijk op te sporen
&width=710&height=710)
Om beter voorbereid te zijn op een volgende epidemie of pandemie heeft de Europese Unie €24 miljoen uitgetrokken voor het zogenoemde RANGER*-project. Klinisch viroloog Jutte de Vries (foto rechts) is coördinator van het LUMC-werk** binnen dit project.
Superspeurneus
De test werkt als een superspeurneus die in één monster, zoals slijm, verschillende virussen kan opsporen op basis van hun unieke genetische-code. Hiervoor maken de Europese wetenschappers van het RANGER-project gebruik van een techniek die metagenomisch sequencing heet. Dat is een methode om erfelijk materiaal (DNA of RNA) van een virus of ander organisme uit te lezen zónder dat je van tevoren weet naar welk virus of organisme je zoekt. Dat laatste is volgens De Vries een groot voordeel ten opzichte van bijvoorbeeld een PCR-test, waarmee je alleen een specifiek virus kunt opsporen.
Een voorbeeld: Iemand komt het ziekenhuis binnen met koorts en benauwdheidsklachten. In zo'n geval neemt een arts of verpleegkundige een uitstrijkje af via de neus of keel, dat vervolgens in het laboratorium wordt onderzocht met een PCR-test. Deze test herkent alleen gericht het genetisch materiaal van een vooraf bepaald virus, zoals het coronavirus. PCR is effectief als je van tevoren weet welk virus of welke virussen je zoekt. Maar soms biedt PCR geen uitkomst en blijft de precieze ziekteverwekker onbekend. In zulke gevallen kan een test op basis van metagenomische (letterlijk: het geheel van genomen, ofwel 'het volledige DNA') sequencing uitkomst bieden. "Dat maakt de nieuwe test bijzonder waardevol bij het opsporen van nieuwe of zeldzame virusuitbraken", zegt De Vries.
[Deze tekst gaat door onder het blok]
Meer dan virussen alleen
Metagenomische sequencing beperkt zich niet tot virussen, maar kan ook andere ziekteverwerkers (pathogenen) als bacteriën en schimmels aantonen. Dat maakt een superpathogenentest mogelijk, maar ook deze is nog niet op de markt. Huidige regelgeving staat de invoering ervan praktisch in de weg. "Per ziekteverwekker moeten we een apart dossier aanleveren, maar hoe doe je dat voor duizenden, soms nog onbekende verwekkers? Zoals de regels nu zijn, passen ze niet op deze innovatieve, ontzettend brede test. Dat maakt de situatie nieuw voor industrie, academie en regelmakers", zegt De Vries.
Om toch goedkeuring te krijgen, maakt het LUMC zich samen met de betrokken instellingen en de Europese (EMA) en Amerikaanse (FDA) toezichthouder hard om een werkbare oplossing te vinden voor dit probleem. Een gezamenlijke oproep in het wetenschappelijke tijdschrift JAMA moet daar aan helpen bijdragen.
Expertise
Het LUMC doet al langer aan metagenomische sequencing om virussen op te sporen die met een PCR-test niet worden gevonden. "Neem het astrovirus. Dat stond bekend als veroorzaker van diarree, maar met deze test werd duidelijk dat het óók schade in de hersenen kan veroorzaken. Die link zou met standaard testmethodes nooit zijn gelegd, omdat niemand het astrovirus nog met breininfecties in verband had gebracht en er met PCR dus niet op werd getest", zegt de klinisch viroloog.
Maar als het LUMC al beschikt over deze techniek om virussen te vinden, waarom dan het RANGER-project? De Vries: "Het LUMC mag als academisch ziekenhuis onder strikte voorwaarden dergelijke zelf (door)ontwikkelde laboratoriumtesten doen. Buiten academische centra is dat moeilijk vanwege het complexe werkproces en het gebrek aan bioinformatische expertise en faciliteiten. Bovendien is sequencing duurder en duurt het langer om een uitslag te krijgen ten opzichte van PCR. Commerciële partijen stappen ook niet snel in, omdat er geen garantie is dat zij goedkeuring krijgen om hun product op de markt te krijgen – niemand heeft dit immers eerder gedaan. Zo ontstaat er een patstelling. Met RANGER hopen we die te doorbreken. Daarbij worden we aangemoedigd door de EU. Het ontwikkelen en goedgekeurd krijgen van deze test om het veld in beweging te krijgen, is dan ook een belangrijke afspraak die we met EU gemaakt hebben."
Beter voorbereid op epidemieën
De EU wil dat dit soort tests sneller en op grotere schaal beschikbaar komen, omdat ze bijdragen aan een betere voorbereiding op epidemieën. Door samen op te trekken en met steun van de EU hopen de betrokken partners toezichthouders te overtuigen, zodat de test beschikbaar komt voor een brede groep patiënten. Het doel is om infecties waarvan de oorzaak onbekend is, snel op te sporen – met een testuitslag binnen zes uur.
Het project gaat vier jaar duren en verloopt in drie fasen: de ontwikkeling van het apparaat, tests met patiënten in Europese ziekenhuizen – waaronder het LUMC – en het verkrijgen van een Europese goedkeuring om de test op de markt te brengen. De Vries legt uit: "In het eerste jaar richten we ons op het ontwerp en de praktische haalbaarheid, gevolgd door gebruikerstests en een effectiviteitstudie – hoe goed is de test ten opzichte van huidige tests? – in het laatste jaar. Op die manier vervullen we als LUMC een dubbele rol: we adviseren én testen het apparaat – van de vroege ontwikkeling tot de uiteindelijke klinische toepassing."
* Ook vanuit het LUMC betrokken zijn: Medisch Moleculair Microbioloog Stefan Boers en bioinformaticus Igor Sidorov.
** RANGER: RApid Next Generation Sequencing for Effective Medical Response.
&width=710&height=710)
&width=710&height=710)
&width=710&height=710)