Center for Proteomics and Metabolomics

Het Centrum voor Proteomics en Metabolomics (CPM) doet met behulp van hoogwaardige technieken onderzoek naar ziekte-gerelateerde veranderingen in biomoleculen.
Wetenschappelijk onderzoek
Onderwijs en opleidingen

Promotietraject

Wat doet het CPM

Binnen het CPM leiden wij studenten met een Master diploma verder op tot volwaardige onderzoekers middels een promotietraject.

Een promotietraject binnen het LUMC betreft het volbrengen van een volledig onderzoeksproject (in een periode van 4 jaar), dat uitmondt in een proefschrift en het behalen van een doctorsgraad.

Bij het CPM verrichten onze promovendi onderzoek met behulp van de nieuwste technologieën, vaak in samenwerking met andere afdelingen van het LUMC, om een bijdrage te leveren aan het beter begrijpen en bestrijden van ziektes. Wij trainen onze promovendi o.a. in het correct uitvoeren van onderzoek, rapporteren, presenteren, een leven lang leren en innoveren.

Wat doet het CPM

Binnen het CPM leiden wij studenten met een Master diploma verder op tot volwaardige onderzoekers middels een promotietraject.

Een promotietraject binnen het LUMC betreft het volbrengen van een volledig onderzoeksproject (in een periode van 4 jaar), dat uitmondt in een proefschrift en het behalen van een doctorsgraad.

Bij het CPM verrichten onze promovendi onderzoek met behulp van de nieuwste technologieën, vaak in samenwerking met andere afdelingen van het LUMC, om een bijdrage te leveren aan het beter begrijpen en bestrijden van ziektes. Wij trainen onze promovendi o.a. in het correct uitvoeren van onderzoek, rapporteren, presenteren, een leven lang leren en innoveren.

Promovendi worden gefinancierd door fondsen of particuliere giften. De promovendus werkt onder begeleiding van een promotor (hoogleraar) en eventuele medebegeleiders, de zogenaamde co-promotor(en).

Wil je meer informatie over promoveren binnen het LUMC?

Bezoek dan hier de website van de Gradute school.
Alle openstaande vacatures kun je vinden op de Werkenbij pagina of op de vacaturepagina van het LUMC.

Werken bij

Zie hier onze actuele vacatures.

Stagiaires en gastonderzoek

Naast het reguliere onderwijs verzorgt het CPM ook onderwijs in de vorm van stages en begeleiding/opleiding van gastonderzoekers.

Stages

Bij het CPM zijn er regelmatig mogelijkheden voor studenten om stage te lopen. Studenten met een bèta-opleiding die een carrière ambiëren in de biomedische wetenschappen, analytische chemie of bio-informatica, nodigen wij van harte uit om contact met ons op te nemen. In de regel gaan wij uit van een stageperiode van minstens 5 maanden.
Een lijst met reeds uitgevoerde stageprojecten bij de afdeling CPM is hier te vinden.

Naast het reguliere onderwijs verzorgt het CPM ook onderwijs in de vorm van stages en begeleiding/opleiding van gastonderzoekers.

Stages

Bij het CPM zijn er regelmatig mogelijkheden voor studenten om stage te lopen. Studenten met een bèta-opleiding die een carrière ambiëren in de biomedische wetenschappen, analytische chemie of bio-informatica, nodigen wij van harte uit om contact met ons op te nemen. In de regel gaan wij uit van een stageperiode van minstens 5 maanden.
Een lijst met reeds uitgevoerde stageprojecten bij de afdeling CPM is hier te vinden.

Gastonderzoekers

Het CPM begeleidt vaak onderzoekers van andere onderzoeksinstituten. Het doel van onze gastonderzoekers is o.a. het leren van technieken, of het uitvoeren van analyses op onze apparatuur, alsmede het testen van de reproduceerbaarheid van onderzoeksresultaten. Gastonderzoekers nodigen wij van harte uit om contact met ons op te nemen over de mogelijkheden. 

Contactgegevens voor stages en gastonderzoek 

Voor meer informatie en beschikbaarheid van plaatsing van stages verzoeken we je contact op te nemen met Dr. Paul Hensbergen. Stuur je CV en een motivatiebrief waarin je aangeeft wat je met je stage wilt bereiken naar: p.j.hensbergen@lumc.nl  

Heb je interesse in een samenwerking met onze afdeling, neem dan contact op met ons afdelingshoofd Prof. dr. Manfred Wuhrer via m.wuhrer@lumc.nl en vermeld in je e-mail duidelijk wat je onderzoeksdoelen en je verwachtingen zijn.

Over ons

Wat doet onze afdeling?

Proteomics en metabolomics: wat is dat?

In het menselijk lichaam zijn heel veel processen gaande. De meeste processen worden uitgevoerd door eiwitten. Eiwitkunde (proteomics) is de studie naar eiwitten in een organisme of deel van een organisme. 
De stofwisseling in het menselijk lichaam is belangrijk om alle processen met energie te voorzien maar ook om bouwstenen aan te dragen. De studie naar stofwisselproducten of metabolieten wordt metabolomics genoemd. Een belangrijk onderwerp binnen de metabolomics is het zoeken naar patronen en afwijkingen in het metabolieten profiel die aanwijzingen geven over de gezondheidstoestand (ook wel biomarkers genoemd). 

Proteomics en metabolomics: wat is dat?

In het menselijk lichaam zijn heel veel processen gaande. De meeste processen worden uitgevoerd door eiwitten. Eiwitkunde (proteomics) is de studie naar eiwitten in een organisme of deel van een organisme. 
De stofwisseling in het menselijk lichaam is belangrijk om alle processen met energie te voorzien maar ook om bouwstenen aan te dragen. De studie naar stofwisselproducten of metabolieten wordt metabolomics genoemd. Een belangrijk onderwerp binnen de metabolomics is het zoeken naar patronen en afwijkingen in het metabolieten profiel die aanwijzingen geven over de gezondheidstoestand (ook wel biomarkers genoemd). 

Het Centrum voor Proteomics en Metabolomics: wat doen wij? 

Het Centrum voor Proteomics en Metabolomics (CPM) doet onderzoek naar eiwitten en metabolieten om ziekte-gerelateerde veranderingen in kaart te brengen. Dit onderzoek doen wij met behulp van o.a. massaspectrometers. Massaspectrometers zijn apparaten waarmee onderzoekers eiwitten of fragmenten ervan kunnen karakteriseren om daarmee biologische vragen te beantwoorden. Het CPM is opgedeeld in verschillende expertisegebieden:

Proteomics

De proteomics groep heeft als voornaamste doel methodes te ontwikkelen ter verbetering van de identificatie en charcterisatie van eiwitten, zodat een beter inzicht verkregen kan worden in ziekteprocessen.  

Metabolomics

Binnen de metabolomics groep wordt onderzoek gedaan naar de ontwikkeling en toepassing van analysetechnieken voor onderzoek naar kleine moleculen zoals metabolieten en lipiden. 

Glycomics

Glycanen (suikerketens) die aan een eiwit vastzitten kunnen veranderen van structuur en positie. Binnen de glycomics groep worden technieken ontwikkeld en toegepast om dergelijke veranderingen bij ziekteprocessen te bestuderen.

Mass Spectometry Imaging

Binnen de beeldvormende massaspectrometrie groep (Mass Spectometry Imaging Group) wordt microscopische beeldvorming gecombineerd met de analytische eigenschappen van een massaspectrometer. Een doel van deze groep is het ontwikkelen van nieuwe methoden om meer informatie over eiwitten, metabolieten en lipiden uit weefsels te halen. Een ander doel is om methodes toe te passen in pre-klinische studies, om pathologen, moleculair- en celbiologen van moleculaire informatie uit weefsel te voorzien ter ondersteuning van onderzoek naar ziekten processen. 

Bioinformatics

Massa spectrometrische experimenten genereren een enorme berg aan data. De bioinformatica groep gebruikt computertechnieken om de data vanuit verschillende onderzoeken samen te brengen om zo humane ziektes beter te begrijpen.

Nieuws

Hier vindt u het laatste nieuws van het Center for Proteomics and Metabolomics.

February 2020

Osteoarchaeologist dr. Rachel Schats investigates traces of Malaria infection on human archaeologic skeletons under an NWO VENI grant.

At the Center for Proteomics and Metabolomics we assist her with the extraction and detection of hemozoin, a detergent of the malaria parasite, using mass spectrometry. After developing a robust method, samples of human remaining's from Middle Age Netherlands will be analysed, to create a geographic overview of Malaria infection during the Middle Age, a period in our history of which less is known concerning this topic. 
https://www.natgeoshop.nl/national-geographic-magazine-februari-2020

Hier vindt u het laatste nieuws van het Center for Proteomics and Metabolomics.

February 2020

Osteoarchaeologist dr. Rachel Schats investigates traces of Malaria infection on human archaeologic skeletons under an NWO VENI grant.

At the Center for Proteomics and Metabolomics we assist her with the extraction and detection of hemozoin, a detergent of the malaria parasite, using mass spectrometry. After developing a robust method, samples of human remaining's from Middle Age Netherlands will be analysed, to create a geographic overview of Malaria infection during the Middle Age, a period in our history of which less is known concerning this topic. 
https://www.natgeoshop.nl/national-geographic-magazine-februari-2020

January 23, 2020

NWO LIFT project awarded: Proteoform-resolved pharmacokinetics of biopharmaceuticals

Lead applicant: Professor Manfred Wuhrer, LUMC
Consortium: LUMC, Roche Diagnostics GmbH 

Modern medicines are often proteins administered into the bloodstream. These proteins will often undergo changes after this administration; for instance, they may lose part of their molecular structure, or this may become modified. The LUMC, working together with two international companies (Roche and Sciex), will devise methods to map the changes undergone by administered proteins, and then examine the influence these changes have, not just on the lifetime of the drug but also on its activity. The project will contribute towards quality control, improved drug applicability, and the development of new medicines.
https://www.nwo.nl/en/news-and-events/news/2020/01/green-light-for-eleven-public-private-lift-research-projects-html

October 3, 2019 

NWO KLEIN-1 project  awarded: Cleaning like a Pro:PPEP (Pro-Pro endopeptidase)-regulated processes in Clostridiodes difficile

Dr. P.J. Hensbergen, LUMC

Clostridioides difficile , a bacterium that causes intestinal infections, secretes an enzyme (PPEP-1) that regulates the spread of the bacterium. In doing so it cleaves surface proteins from the bacteria, proteins which are necessary for attachment. However, in the case of one of these surface proteins, we have yet to discover what it attaches to. PPEPs also occur in other bacteria, but their activity is slightly different. C. difficile also has a second PPEP, but its function is unknown. In this project we want to further unpack the PPEP-regulated processes in C. difficile, and to better understand the activity of different PPEPs.

Ons Team

  • Prof. dr. Manfred Wuhrer (Head of the Center for Proteomics and Metabolomics)
    • Proteomics and Glycomics
  • Dr. Peter van Veelen (Head Proteomics group)
    • Proteomics
  • Dr. Martin Giera (Head Metabolomics group)
    • Metabolomics
  • Dr. Bram Heijs (Head Mass Spectrometry Imaging group)
    • Mass Spectrometry Imaging
  • Dr. Magnus Palmblad (Head Bioinformatics)
    • Mass Spectrometry
    • Proteomics
    • Bioinformatics

Contactgegevens

Mailing address

Leiden University Medical Center
Center for Proteomics and Metabolomics
Zone P1-Q
Albinusdreef 2
2333 ZA Leiden
The Netherland

Routebeschrijving

Heeft u een afspraak bij ons op de afdeling? Wilt u zich melden bij de receptie van gebouw 2 (het onderzoekgebouw) u wordt daar opgehaald.

Ons bezoekadres is:

Eindhovenweg 20
2333 ZC LEIDEN
071- 526 6982 (Secretariaat CPM)

Met het openbaar vervoer

Het LUMC ligt op loopafstand aan de achterzijde van station Leiden Centraal. Alle streekbussen naar Leiden stoppen ook bij Leiden Centraal.

Heeft u een afspraak bij ons op de afdeling? Wilt u zich melden bij de receptie van gebouw 2 (het onderzoekgebouw) u wordt daar opgehaald.

Ons bezoekadres is:

Eindhovenweg 20
2333 ZC LEIDEN
071- 526 6982 (Secretariaat CPM)

Met het openbaar vervoer

Het LUMC ligt op loopafstand aan de achterzijde van station Leiden Centraal. Alle streekbussen naar Leiden stoppen ook bij Leiden Centraal.

Een aantal bussen stopt naast het LUMC, halte Bargelaan (achterzijde van het station). Alle bussen stoppen op het busstation aan de voorzijde van het station.

Voor actuele openbaar vervoersinformatie kunt u ook bellen met de OV-reisinformatie 0900-9292 (75 cent per minuut) of via internet:
Openbaar Vervoer Informatie.

Met de auto 

Vanuit de richting Rotterdam (A13, A4)

Volg de A13 en daarna de A4 richting Amsterdam tot aan afslag 6a (Zoeterwoude-Rijndijk, Leiden-Oost). Aan het einde van de afslag linksaf. Ga rechtdoor en volg de borden 'Station Leiden' en vervolgens de borden 'H-ziekenhuizen'.

Vanuit de richting Utrecht (A12, N11)

Neem op de A12 bij Bodegraven de afslag Leiden (N11). Aan het einde van N11 rechtsaf. Vervolgens volgt u de borden 'H-Ziekenhuizen'.

Vanuit de richting Den Haag (N44, A44)

U volgt vanuit Den Haag de N44 (later de A44) tot aan afslag 8 (Leiden, Noordwijk, Katwijk) en aan het einde van de afslag slaat u rechtsaf. Vervolgens volgt u de borden 'H-Ziekenhuizen'.

Vanuit de richting Amsterdam (A4, A44)

Volg de A4 en daarna de A44 richting Leiden-West. U volgt de A44 tot afslag 8 (Leiden, Noordwijk, Katwijk, N206). Na de afslag linksaf onder het viaduct door. Vervolgens volgt u de borden 'H-Ziekenhuizen'.

Gebouwen LUMC