Polyposis coli, adenomateus (FAP1/MAP/NAP/PPAP/FAP4)  


OMIM

Aandoening

Gen

175100

Familiaire Adenomateuze Polyposis 1 (FAP1)

APC

175100

Brain tumor-polyposis syndrome 2,  ofwel  Gardner syndrome

APC

135290

Desmoid disease, hereditary (HDD)

APC

608456

MUTYH associated polyposis (MAP), ook bekend als FAP2

MUTYH

615083

Polymerase proofreading associated polyposis (PPAP)

POLE

612591

Polymerase proofreading associated polyposis (PPAP)

POLD1

616415

NTHL1 associated polyposis  (NAP) ook bekend als FAP3

NTHL1

617100

Familiaire Adenomateuze Polyposis 4 (FAP4)

MSH3

601228

Hereditary Mixed Polyposis Syndroom1 (HMPS1)

GREM1

 

Gen

Technieken

APC

  • MLPA (MRC Holland kit P043, versie E1) APC promotergebied en exonen 1 tot en met 15
  • Sanger sequentie analyse van alle coderende sequenties inclusief flankerende intron/exon overgangen van exonen 1 tot en met 15

MUTYH

  • MLPA  exonen 1 tot en met 16 (MRC-Holland kit P378-C1).
  • Sanger sequentie analyse van alle coderende  exonen 1 tot en met 16, inclusief flankerende intron sequenties

POLE

  • Sanger sequentie analyse van exonen 9 tot en met 14 (proofreading domain) inclusief flankerende intron/exon overgangen

POLD1

  • Sanger sequentie analyse van exonen 8 t/m 12 (proofreading domein) inclusief flankerende intron/exon overgangen

NTHL1

  • Sanger sequentie analyse van exon 2 voor de frequent in Nederland voorkomende mutatie NM_002528.6(NTHL1):c.268C>T, p.(Gln90*).  Indien deze mutatie is aangetoond worden de overige coderende exonen (1 t/m 6) gesequenced.

MSH3

  • Sanger sequentie analyse van alle coderende sequenties inclusief flankerende intron/exon overgangen van exonen 1 tot en met 15

GREM1

  • MLPA van de upstream region, (MRC-Holland kit P378-C1 en (MRC Holland kit P043, versie E1);

Duplicatie van de GREM 1 upstream region, geassocieerd met HMPS1 (Jaeger at al. 2012).  

 

Procedure :  

Indien de mutatie nog niet bekend is alleen de specifiek aangevraagde genen ingezet. 
Er kan ook gekozen worden voor het polieppanel ‘Polyposis coli, Adenomateus” of het CRC-panel colorectaal carcinoom (zie genpanels) – beide panels zijn  echter zonder MSH3 analyse – deze dient apart te worden aangevraagd.

Bij APC en MUTYH wordt zowel sequentie analyse als MLPA standaard uitgevoerd. Indien APC en/of MUTYH is aangevraagd dan wordt eveneens voor GREM1 getest.


Detectie ratio:

Dit is een klinisch zeer heterogene groep patiënten, variërend van klassieke polyposis tot enkele poliepen op latere leeftijd. In 2000 patienten getest voor APC en/of MUTYH zijn 330 (16%) pathogene APC mutaties gevonden en 105 (5%) patiënten met 2 MUTYH mutaties. Voor MSH3, POLE, POLD1 en NTHL1 zijn nog onvoldoende patienten getest om de detectie ratio te bepalen.

 

Gen

Genproduct

Locus

Overerving

OMIM nummer

Referentiesequentie

APC

Adenomatous Polyposis Coli protein

5q22.2

Autosomaal dominant

611731

NC_000005.9 NM_000038.5 (15 exonen, c.1 in exon 1)

MUTYH

MutY homolog

1p34.1

Autosomaal recessief

604933

NG_008189.1 NM_001128425.1

POLE

DNA polymerase II epsilon catalytic subunit A

12q24.33

Autosomaal dominant

174762

NC_000012.11 
NM_006231.2 

POLD1

DNA polymerase II delta catalytic subunit A

19q13.33

Autosomaal dominant

174761

NC_000019.9 
NM_002691.3

NTHL1

Endonuclease III like 1

16p13.3

Autosomaal recessief

602656

NC_000016.10
NM_002528.5

MSH3

MutS, E. Coli, Homolog of, 3

5q14.1

Autosomaal recessief

600887

NC_000005.10
NM_002439.4

GREM1

Gremlin 1 Homolog, Cystine Knot Superfamily

15q13.3

Autosomaal dominant

603054

NC_000015.10
NM_013372.6

 

Website links:

Patiëntenmateriaal insturen

Uitslagtermijnen laboratoriumonderzoek

 

Databases / links:

https://www.insight-database.org/genes