Prof. Dr. E.J. (Eric) Snijder

Professor, PI Molecular biology of +RNA viruses and antivirals

Vakgebied(en)

  • Moleculaire biologie en evolutie van +RNA virussen
  • RNA virus-gastheer interacties
  • Antivirale medicijnontwikkeling en resistentie
  • Nidoviruses (arteri- en coronavirussen)

Introductie

Eric J. Snijder is hoogleraar moleculaire virologie en hoofd van de Sectie Research van de Afdeling Medische Microbiologie van het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC). Daarnaast is hij lid van de Vaste Commissie Wetenschap van het LUMC en bestuurslid van het LUMC profileringsgebied Immunologie, Infectieziekten & Tolerantie.

PI Molecular biology of +RNA virus replication 
PI Antiviral drug development
PI Ultrastructure and function of viral replication complexes
PI Vaccine development


Onderzoeksprofiel

Virussen zijn gespecialiseerd in het misbruiken van de infrastructuur van hun gastheercel ten behoeve van de replicatie en expressie van het virale genoom en de productie van nieuwe virusdeeltjes. Op allerlei fronten is bovendien sprake van een moleculaire wapenwedloop tussen virus en gastheer, waarbij virussen er steeds weer in slagen cellulaire verdedigingsmechanismen te ontduiken of te ontregelen. Virussen met een RNA genoom kunnen hierbij profiteren van een bijzondere eigenschap: een hoge mutatiefrequentie die ervoor zorgt dat het virale nageslacht in essentie kan worden beschouwd als een ‘zwerm mutanten’ (ook wel bekend als  ‘quasi-species’). Hoewel dit op het eerste gezicht een nadeel zou kunnen lijken, benutten RNA virussen deze genetische variatie om te ontsnappen aan bijvoorbeeld het immuunsysteem van hun gastheer of antivirale therapie. Verder kan het hen in staat stellen zich aan te passen aan nieuwe gastheersoorten, een spraakmakend fenomeen aangezien veel (op)nieuw uitbrekende virussen worden overgedragen door dierlijke bronnen (zoonotische infecties). Basale kennis over virusreplicatie en virusevolutie kan worden gebruikt voor het ontwikkelen van nieuwe antivirale strategieën, die essentieel zullen zijn om ons voor te bereiden op toekomstige virusuitbraken.


Wetenschappelijk carrière

Eric Snijder (1962) studeerde biologie aan de Universiteit van Utrecht waar hij in 1986 (cum laude afstudeerde, na een specialisatie in moleculaire biologie , elektronenmicroscopie en moleculaire virologie. Vervolgens startte hij zijn promotieonderzoek bij de Afdeling Virologie van de Utrechtse veterinaire faculteit, hetgeen resulteerde in een cum laude promotie in 1991 (proefschrift: "Berne virus – replication and evolution of the torovirus prototype"). In 1990, verhuisde Snijder naar de Afdeling Medische Microbiologie van het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC), waar hij universitair docent werd, en vervolgens universitair hoofddocent en projectleider van het nidovirus-onderzoek. In 2000, werd hem de C.J. Kok prijs toegekend voor zijn werk aan de moleculaire biologie van nidovirussen (arteri- en coronavirussen). In 2007, werd Snijder benoemd tot hoogleraar moleculaire virologie. Zijn oratie was getiteld ‘Virus evolutie: klaar terwijl u wacht’.

Eric Snijder bestudeert de moleculaire biologie en evolutie van virussen met een positiefstrengig RNA genoom, in het bijzonder nidovirussen als de coronavirussen die SARS en MERS veroorzaken. De (moleculaire) interacties tussen virussen en hun gastheercel zijn een centraal en terugkerend thema in zijn onderzoek, dat werd en wordt ondersteund door een aantal subsidies van de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) en de Europese Unie (EU). Snijder heeft meer dan 235 wetenschappelijke publicaties op zijn naam staan. Hij is voormalig Editor van the Journal of General Virology, lid van de Editorial Board van the Journal of Virology en Virus Research, en lid van de Adviescommissie van het Beijerinck Virologie Fonds. Voor het LUMC curriculum Biomedische Wetenschappen coördineert hij de master cursus “Molecular Virology of RNA viruses” en is hij betrokken in een aantal andere onderwijsactiviteiten.

Prijzen en eervolle benoemingen

In 2000, ontving Eric Snijder de C.J. Kok prijs voor zijn moleculair virologische onderzoek aan nidovirussen. In 2012 werd hij gekozen tot lid van de American Academy of Microbiology.


Geselecteerde publicaties

Melia CE, van der Schaar HM, de Jong AWM, Lyoo HR, Snijder EJ, Koster AJ, van Kuppeveld FJM, Bárcena M. The Origin, Dynamic Morphology, and PI4P-Independent Formation of Encephalomyocarditis Virus Replication Organelles. MBio. 2018 Apr 17;9(2). pii: e00420-18. doi: 10.1128/mBio.00420-18.

de Wilde AH, Zevenhoven-Dobbe JC, Beugeling C, Chatterji U, de Jong D, Gallay P, Szuhai K, Posthuma CC, Snijder EJ. Coronaviruses and arteriviruses display striking differences in their cyclophilin A-dependence during replication in cell culture. Virology. 2018 Apr;517:148-156. doi: 10.1016/j.virol.2017.11.022

Oudshoorn D, Rijs K, Limpens RWAL, Groen K, Koster AJ, Snijder EJ, Kikkert M, Bárcena M. Expression and cleavage of Middle East respiratory syndrome coronavirus nsp3-4 polyprotein induce the formation of double-membrane vesicles that mimic those associated with coronaviral RNA replication. MBio. 2017 Nov 21;8(6). pii: e01658-17.

Melia CE, van der Schaar HM, Lyoo H, Limpens RWAL, Feng Q, Wahedi M, Overheul GJ, van Rij RP, Snijder EJ, Koster AJ, Bárcena M, van Kuppeveld FJM. Escaping host factor PI4KB inhibition: Enterovirus genomic RNA replication in the absence of replication organelles. Cell Rep. 2017 Oct 17;21(3):587-599.

Napthine S, Treffers EE, Bell S, Goodfellow I, Fang Y, Firth AE, Snijder EJ, Brierley I. A novel role for poly(C) binding proteins in programmed ribosomal frameshifting. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(12):5491-503.

Lehmann KC, Gulyaeva A, Zevenhoven-Dobbe JC, Janssen GM, Ruben M, Overkleeft HS, van Veelen PA, Samborskiy DV, Kravchenko AA, Leontovich AM, Sidorov IA, Snijder EJ, Posthuma CC, Gorbalenya AE. Discovery of an essential nucleotidylating activity associated with a newly delineated conserved domain in the RNA polymerase-containing protein of all nidoviruses. Nucleic Acids Res. 2015 Sep 30;43(17):8416-34.

de Wilde AH, Wannee KF, Scholte FE, Goeman JJ, Ten Dijke P, Snijder EJ, Kikkert M, van Hemert MJ. A Kinome-Wide Small Interfering RNA Screen Identifies Proviral and Antiviral Host Factors in Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Replication, Including Double-Stranded RNA-Activated Protein Kinase and Early Secretory Pathway Proteins. J Virol. 2015 Aug;89(16):8318-33.

Scholte FE, Tas A, Albulescu IC, Žusinaite E, Merits A, Snijder EJ, van Hemert MJ. Stress granule components G3BP1 and G3BP2 play a proviral role early in Chikungunya virus replication. J Virol. 2015 Apr;89(8):4457-69.

Bailey-Elkin BA, Knaap RC, Johnson GG, Dalebout TJ, Ninaber DK, van Kasteren PB, Bredenbeek PJ, Snijder EJ, Kikkert M, Mark BL. Crystal structure of the Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) papain-like protease bound to ubiquitin facilitates targeted disruption of deubiquitinating activity to demonstrate its role in innate immune suppression. J Biol Chem. 2014 Dec 12;289(50):34667-82.

Subissi L, Posthuma CC, Collet A, Zevenhoven-Dobbe JC, Gorbalenya AE, Decroly E, Snijder EJ, Canard B and Imbert I. One severe acute respiratory syndrome coronavirus protein complex integrates processive RNA polymerase and exonuclease activities. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014; 111:E3900-9

de Wilde AH, Jochmans D, Posthuma CC, Zevenhoven-Dobbe JC, van Nieuwkoop S, Bestebroer TM, van den Hoogen BG, Neyts J, Snijder EJ. Screening of an FDA-approved compound library identifies four small-molecule inhibitors of Middle East respiratory syndrome coronavirus replication in cell culture. Antimicrob Agents Chemother. 2014 Aug;58(8):4875-84.

Li Y, Treffers EE, Napthine S, Tas A, Zhu L, Sun Z, Bell S, Mark BL, van Veelen PA, van Hemert MJ, Firth AE, Brierley I, Snijder EJ, Fang Y. Transactivation of programmed ribosomal frameshifting by a viral protein. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 May 27;111(21):E2172-81.

Schoggins JW, MacDuff DA, Imanaka N, Gainey MD, Shrestha B, Eitson JL, Mar KB, Richardson RB, Ratushny AV, Litvak V, Dabelic R, Manicassamy B, Aitchison JD, Aderem A, Elliott RM, García-Sastre A, Racaniello V, Snijder EJ, Yokoyama WM, Diamond MS, Virgin HW, Rice CM. Pan-viral specificity of IFN-induced genes reveals new roles for cGAS in innate immunity. Nature. 2014 Jan 30;505(7485):691-5. Erratum in: Nature. 2015 Sep 3;525(7567):144.

van Boheemen S, de Graaf  M, Lauber C, Bestebroer TM, Raj VS, Zaki AM, Osterhaus AD, Haagmans BL, Gorbalenya AE, Snijder EJ, and Fouchier RA. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. MBio 2012; 3:e00473-12.

Fang, Y, Treffers EE, Li Y, Tas A, Sun Z, van der Meer Y, de Ru AH, van Veelen PA, Atkins JF, Snijder EJ, and Firth AE. Efficient -2 frameshifting by mammalian ribosomes to synthesize an additional arterivirus protein. Proc Natl Acad Sci USA 2012; 109:E2920-8.

Knoops K, Bárcena M, Limpens RW, Koster AJ, Mommaas AM, and Snijder EJ. Ultrastructural characterization of arterivirus replication structures: reshaping the endoplasmic reticulum to accommodate viral RNA synthesis. J Virol 2012; 86:2474-2487.

Nedialkova DD, Gorbalenya AE, and Snijder EJ. Arterivirus Nsp1 modulates the accumulation of minus-strand templates to control the relative abundance of viral mRNAs. PLoS Pathog 2010; 6:e1000772.

Knoops K, Kikkert M, van den Worm SHE, Zevenhoven-Dobbe JC, van der Meer Y, Koster AJ, Mommaas AM, and Snijder EJ. SARS-coronavirus replication is supported by a reticulovesicular network of modified endoplasmic reticulum. PLoS Biol 2008; 6:e226.

Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, Guan Y, Rozanov M, Spaan WJM, and Gorbalenya AE. Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage. J Mol Biol 2003; 331:991-1004.

Alle publicaties van Eric J. Snijder in PubMed


Contactgegevens

Leids Universitair Medisch Centrum
Gebouw 1
Kamer L4-40

Albinusdreef 2
2333 ZA Leiden
Tel: +31(0)715261657 (61652)

Postzone E4-P
Postbus 9600
2300 RC Leiden

E-mail: e.j.snijder@lumc.nl