Postdoctoraal onderzoeker microbioomdata-analyse & infrastructuur

Wat ga je doen?

Ongeveer de helft van je tijd werk je voor het Center for Microbiome Analyses & Therapeutics (CMAT) en de andere helft binnen de onderzoeksgroep Microbiome Systems Biology van Georg Zeller. De nadruk ligt op het uitvoeren van hoogwaardige microbiome-data-analyses, het ontwikkelen van robuuste analyse-infrastructuur en het ondersteunen van meerdere onderzoeksprojecten tegelijkertijd. Daarbij lever je een belangrijke bijdrage aan onderzoek door betrouwbare workflows, analyses en hulpmiddelen beschikbaar te maken voor onderzoekers en partners binnen en buiten het LUMC.

Je belangrijkste taken zijn:

• Voeren microbiome-data-analyses uit voor CMAT-opdrachtgevers en onderzoeksprojecten, waaronder taxonomische en functionele profilering, statistische analyses, visualisaties en rapportages.
• Ontwikkelen, automatiseren en standaardiseren analysemethoden tot betrouwbare en goed gedocumenteerde workflows voor routinematig gebruik.
• Ontwerpen en onderhouden gedeelde analyse-infrastructuur, waaronder pipelines, HPC-omgevingen, data- en metadatabeheer en interne R- en Python-pakketten.
• Coördineren meerdere analyseverzoeken tegelijk, stemmen af met stakeholders en bewaken planning, kwaliteit en voortgang van projecten.

Daarnaast draag je bij aan gezamenlijke onderzoeks- en softwareontwikkelingsprojecten, voer je maatwerk bio-informatica-analyses uit en schrijf je mee aan wetenschappelijke publicaties die voortkomen uit de projecten waaraan je bijdraagt.  

Waar ga je werken?

Het Leids Universitair Medisch Centrum (LUMC) brengt patiëntenzorg, onderzoek en onderwijs samen. Innovatief onderzoek staat centraal, met als doel fundamentele kennis te vertalen naar toepassingen die bijdragen aan de gezondheidszorg van de toekomst.

Het Center for Microbiome Analyses & Therapeutics (CMAT) en de Microbiome Systems Biology-groep maken onderdeel uit van het recent opgerichte LUCID. Binnen deze afdeling werken onderzoekers uit de microbiologie, parasitologie, immunologie en infectieziekten nauw samen aan fundamenteel en translationeel onderzoek.

CMAT ondersteunt onderzoekers en clinici met microbiome-sequencing en data-analyse voor projecten binnen en buiten het LUMC. De onderzoeksgroep Microbiome Systems Biology, onder leiding van Georg Zeller, onderzoekt de interactie tussen het microbioom en de menselijke gastheer. Daarbij worden geavanceerde sequencing- en beeldvormingstechnologieën gecombineerd met computationele analyse, statistiek en machine learning. Het onderzoek richt zich onder meer op de invloed van voeding en medicatie op het microbioom, de rol van micro-organismen bij ziekteprocessen en de mogelijkheden om het microbioom gericht in te zetten voor gezondheid en behandeling.

Wat neem je mee?

Zorgvuldig analyseren geeft energie. Het opleveren van betrouwbare en reproduceerbare resultaten wordt gezien als een belangrijke bijdrage aan gezamenlijk onderzoek. Contact met onderzoekers, clinici, industriële partners en bio-informatici verloopt gemakkelijk. Analysevragen worden snel doorgrond door de juiste vragen te stellen, terwijl risico’s tijdig worden gesignaleerd en praktische oplossingen worden aangedragen. Continu verbeteren staat centraal: processen slimmer, efficiënter en beter herbruikbaar maken is een vanzelfsprekend onderdeel van de werkwijze.

Daarnaast beschik je over:

• Een afgeronde promotie (PhD) in een biomedisch of kwantitatief vakgebied, zoals computational biology, bioinformatica, microbiologie met een sterke computationele component of een vergelijkbare richting.
• Ervaring met microbiome-data-analyse (16S en/of shotgun metagenomics), inclusief taxonomische en functionele profilering, statistische analyses en visualisatie van resultaten.
• Uitstekende programmeervaardigheden in R en bij voorkeur ook Python, aangevuld met ervaring met Unix/Linux, HPC-omgevingen, Git en reproduceerbare analyseomgevingen, bij voorkeur Nextflow.
• Ervaring met het begeleiden van meerdere projecten tegelijkertijd en interesse in het ontwikkelen van infrastructuur en hulpmiddelen die door veel onderzoekers worden gebruikt.

Wat bieden we jou?

Door gezondheid gedreven; dat is onze missie. Dit geldt uiteraard niet alleen voor onze patiënten maar ook voor onze medewerkers. We streven naar een veilige, inclusieve en gelijkwaardige werkomgeving waarin talentontwikkeling en verbindend leiderschap centraal staan. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling, sportbudget, thuiswerkvergoeding en een uitstekende reiskostenregeling voor woon-werkverkeer. Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn!

Bekijk alle arbeidsvoorwaarden van het LUMC.

Waar staan wij voor?

Als academisch medisch centrum streeft het LUMC naar een medewerkersbestand dat een goede afspiegeling is van de samenleving. Wij zetten ons in voor de hoogste kwaliteit op het gebied van gezondheidszorg, onderwijs en (internationaal) onderzoek, waarbij diverse perspectieven van cruciaal belang zijn. Duurzaamheid staat bij ons ook hoog in het vaandel: we zetten ons in voor een gezonde toekomst, niet alleen voor mensen, maar ook voor de planeet. In lijn met deze waarden willen we een creatieve en inspirerende werkplek zijn, waar het voor ons van essentieel belang is dat iedereen zich thuis, veilig en erkend voelt. Bij ons draait het om wie je bent en wat je bijdraagt, ongeacht je achtergrond. Samen werken wij aan een duurzame en inclusieve toekomst, zowel voor de mensen om ons heen als voor de wereld waarin we leven. Samen zijn wij LUMC.

Meer informatie

• Als postdoctoraal onderzoeker microbioomdata-analyse & infrastructuur bedraagt je salaris minimaal € 3.724,- en maximaal € 5.867,- bruto per maand (schaal 10, CAO UMC). Deze bedragen zijn op basis van een fulltime dienstverband.
• Per 1 mei 2027 geldt een loonsverhoging van 3,5%.
• Het betreft een aanstelling voor de duur van twee jaar.
• Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.
• De selectieprocedure bestaat uit meerdere rondes, waaronder een eerste online gesprek gevolgd door een uitgebreidere gespreksronde met leden van de onderzoeksgroep Microbiome Systems Biology en CMAT.