Publications

1. Daria V. Zhernakova, Patrick Deelen, Martijn Vermaat, Maarten van Iterson, Michiel van Galen, Wibowo Arindrarto, Peter van 't Hof, Hailiang Mei, Freerk van Dijk, Harm-Jan Westra, Marc Jan Bonder, Jeroen van Rooij, Marijn Verkerk, P. Mila Jhamai, Matthijs Moed, Szymon M. Kielbasa, Jan Bot, Irene Nooren, René Pool, Jenny van Dongen, Jouke J. Hottenga, Coen D.A. Stehouwer, Carla J.H. van der Kallen, Casper G. Schalkwijk, Alexandra Zhernakova, Yang Li, Ettje F. Tigchelaar, Niek de Klein, Marian Beekman, Joris Deelen, Diana van Heemst, Leonard H. van den Berg, Albert Hofman, André G. Uitterlinden, Marleen M.J. van Greevenbroek, Jan H. Veldink, Dorret I. Boomsma, Cornelia M. van Duijn, Cisca Wijmenga, P. Eline Slagboom, Morris A. Swertz, Aaron Isaacs, Joyce B.J. van Meurs, Rick Jansen, Bastiaan T. Heijmans*, Peter A.C. ’t Hoen*, Lude Franke*. Identification of context-dependent expression quantitative trait loci in whole blood. Nature Genetics (2017) 49:139-145  * shared last author

2. den Dunnen JT, Dalgleish R, Maglott DR, Hart RK, Greenblatt MS, McGowan-Jordan J, Roux AF, Smith T, Antonarakis SE, Taschner PE. HGVS Recommendations for the Description of Sequence Variants: 2016 Update. Hum.Mutat. (2016) 37:564-569.

3. Eleonora de Klerk, Ivo F.A.C. Fokkema, Klaske A.M.H. Thiadens, Jelle J. Goeman, Magnus Palmblad, Johan T. den Dunnen, Marieke von Lindern, Peter A.C. ‘t Hoen. Assessing the translational landscape of myogenic differentiation by ribosome profiling. Nucleic Acids Res (2015) 43:4408-28

4. Irina Pulyakhina, Isabella Gazzoli, Peter A.C. 't Hoen, Nisha Verwey, Johan den Dunnen, Annemieke Aartsma-Rus, Jeroen F.J. Laros. SplicePie: a novel analytical approach for the detection of alternative, non-sequential and recursive splicing. Nucleic Acids (2015) Res 43:e80

5. Seyed Yahya Anvar, Lusine Khachatryan, Martijn Vermaat, Michiel van Galen, Irina Pulyakhina, Yavuz Ariyurek, Ken Kraaijeveld, Johan T. den Dunnen, Peter de Knijff, Peter A.C. 't Hoen and Jeroen F.J. Laros. Determining the quality and complexity of next-generation sequencing data without a reference genome. Genome Biology (2014) 15:555 

6. Peter A.C. ’t Hoen, Marc R. Friedländer, Jonas Almlöf, Michael Sammeth, Irina Pulyakhina, Seyed Yahya Anvar, Jeroen F.J. Laros, Henk P.J. Buermans, Olof Karlberg, Mathias Brännvall, The GEUVADIS Consortium, Johan T. den Dunnen, Gert-Jan B. van Ommen, Ivo G. Gut, Roderic Guigó, Xavier Estivill, Ann-Christine Syvänen, Emmanouil T. Dermitzakis, Tuuli Lappalainen. Reproducible mRNA and small RNA sequencing across laboratories. Nature Biotechnol (2013) 31:1015-22